약국 고용세액공제 세무사, 3.3%로 급여를 주는 근무약사는 상시근로자에 들지 않고 주 15시간 파트 약사는 0.5명으로 세며 2026년 증가분부터는 수도권 청년 1명이 첫해 700만 원에서 3년차 1,700만 원으로 커지는 대신 인원이 줄어도 추징이 없습니다

약국에서 통합고용세액공제의 상시근로자는 누구인가요?

약국의 통합고용세액공제 상담은 거의 항상 같은 질문에서 시작합니다. 근무약사가 둘, 전산원이 하나, 카운터 직원이 하나인데 왜 공제 대상 인원은 하나뿐이냐는 것입니다. 답은 조세특례제한법 시행령 제26조의8 제2항에 있습니다. 이 조항은 상시근로자를 근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로 정의하고, 여섯 부류를 빼도록 하고 있습니다. 근로기간이 1년 미만인 근로자, 월 평균 근로시간이 60시간에 못 미치는 단시간근로자, 임원, 대표자와 그 배우자, 대표자의 직계존비속과 그 배우자 및 친족, 그리고 근로소득 원천징수 사실이 확인되지 않으면서 국민연금 부담금이나 건강보험 직장가입자 보험료 납부 사실도 확인되지 않는 사람입니다. 약국 고용세액공제 세무사가 급여대장보다 근로계약서를 먼저 달라고 하는 이유가 여기 있습니다.

약국에서 가장 자주 걸리는 부류가 3.3% 사업소득으로 급여를 받는 근무약사입니다. 이 경우 근로기준법상 근로계약이 없고 근로소득 원천징수도 없으며 국민연금과 건강보험을 약국이 부담하지도 않으므로, 여섯 번째 제외 사유에 그대로 해당합니다. 인원에 잡히지 않는 것은 물론이고, 그 약사가 29세라도 청년등 상시근로자가 될 수 없습니다. 반대로 출퇴근 시간이 정해져 있고 약국장의 지시를 받으며 매달 고정된 금액을 받는 근무약사라면, 계약서 제목이 무엇이든 실질은 근로자에 가깝습니다. 이때는 세액공제를 받기 위해서가 아니라 근로자성 분쟁과 4대보험 소급 부과를 피하기 위해 노무 전문가와 함께 고용 형태를 정리하는 것이 먼저이고, 세액공제는 그 결과로 따라오는 것입니다.

두 번째로 자주 걸리는 부류가 가족입니다. 약국장의 배우자가 약사로 함께 근무하며 급여를 받는 경우, 근로계약을 맺고 4대보험에 가입했더라도 대표자의 배우자는 상시근로자에서 제외됩니다. 자녀나 부모, 형제자매처럼 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항의 친족관계에 있는 사람도 같습니다. 가족 급여가 필요경비로 인정되는지와 상시근로자로 세어지는지는 전혀 다른 문제라는 점을 구분해야 합니다. 여기부터는 개별 판단입니다. 근로계약서와 급여대장, 4대보험 가입 내역을 사람별로 대조해 누가 남는지 확정한 뒤에야 공제액 계산으로 넘어갈 수 있습니다.

주 15시간 파트 약사는 몇 명으로 세나요?

약국의 두 번째 특징은 토요일이나 저녁 시간대에만 나오는 파트 약사가 많다는 점입니다. 시행령 제26조의8 제2항 제2호는 단시간근로자를 원칙적으로 제외하되, 해당 과세연도의 총 근로시간을 근무개월 수로 나눈 월 평균 근로시간이 60시간 이상이면 상시근로자에 들어오되 1명을 0.5명으로 셉니다. 주 15시간이면 월 약 65시간이라 0.5명이 되고, 주 12시간이면 월 약 52시간이라 아예 빠집니다. 월별로 따지던 종전 방식과 달리 연간 평균으로 보기 때문에, 연중에 근무시간을 늘리거나 줄인 파트 약사는 연말에 한 번 더 계산해야 합니다.

0.5명이 0.75명으로 올라가는 요건도 있습니다. 시행령 제11조의2 제8항 제2호는 전체 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 줄지 않았을 것, 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결했을 것, 통상 근로자와 시간당 임금이나 복리후생에서 차별이 없을 것, 시간당 임금이 최저임금의 120% 이상일 것을 모두 요구합니다. 파트 약사의 시간당 임금은 보통 이 기준을 넉넉히 넘기므로, 무기계약 여부와 차별 금지 조항이 실제 갈림길이 됩니다. 한 가지 더 주의할 점은 단시간근로자는 나이가 어려도 청년등 상시근로자가 될 수 없다는 것입니다. 시행령 제26조의8 제4항 제1호는 기간제근로자와 단시간근로자, 파견근로자를 청년에서 명시적으로 제외하므로, 파트 약사는 항상 청년등 외 금액으로 계산됩니다.

상시근로자 수를 구하는 방법 자체도 바뀌었습니다. 종전에는 매월 말 인원을 더해 열둘로 나눴지만, 현행 시행령 제11조의2 제8항은 사람별로 해당 과세연도의 근무개월 수를 과세연도의 개월 수로 나눈 값을 모두 더하고, 100분의 1 미만은 버립니다. 매월 말일에 근무 중이면 그 달을 근무개월 수에 넣습니다. 청년등의 범위는 15세 이상 34세 이하(병역 이행 기간은 6년 한도로 차감), 장애인, 근로계약 체결일 현재 60세 이상, 경력단절 근로자, 북한이탈주민이고, 근로계약 체결 당시 34세 이하였다면 근로기간 중 34세를 넘어도 계약일부터 4년간 청년등으로 봅니다. 약국 카운터에 60세 이상 직원을 채용하는 경우가 많은데, 이분들은 근로계약만 제대로 맺으면 청년등과 같은 금액이 적용됩니다. 여기부터는 개별 판단입니다. 새로 생긴 '근로기간 1년 미만' 기준이 해당 연도 신규 입사자의 산입에 어떻게 적용되는지는 국세청의 신고 안내를 확인한 뒤 명세서를 써야 하므로, 본문에서는 모든 인원이 1년을 넘긴 것으로 가정합니다.

2026년 과세연도부터 공제 구조가 어떻게 바뀌었나요?

조세특례제한법 제29조의8 제1항은 2025년 12월 23일 개정으로 뼈대가 달라졌습니다. 종전에는 직전 과세연도보다 늘었는지만 보고 같은 금액을 3년간 공제한 뒤 2년 안에 인원이 줄면 추징했지만, 현행 조문은 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2028년까지 해당 연도의 상시근로자 수가 직전 3개 과세연도 중 어느 한 해보다 늘었는지를 보고, 직전 연도 대비 증가분(A), 전전 연도 대비 증가분(B), 전전전 연도 대비 증가분(C)에 각각 다른 금액을 곱해 더합니다. B는 해당 연도와 직전 연도 인원 중 적은 수에서 전전 연도 인원을 빼고, C는 세 해 중 가장 적은 수에서 전전전 연도 인원을 빼므로, 중간에 인원이 줄면 그만큼 B와 C가 작아집니다. 2024년 12월 31일 이전에 개시한 과세연도는 비교 대상에서 빠지므로 2026년 신고에서는 사실상 A만 계산됩니다.

중소기업의 1인당 금액은 아래 표와 같습니다. 수원처럼 수도권에 있는 약국은 청년등 1명이 늘면 첫해 700만 원, 전전 연도 대비로는 1,600만 원, 전전전 연도 대비로는 1,700만 원이고, 청년등 외는 400만 원, 900만 원, 1,000만 원입니다. 첫해 금액은 종전 1,450만 원보다 작아졌고 2·3년차가 커진 설계라, 채용한 뒤 오래 함께 일하는 약국에 유리하도록 바뀐 것입니다. 약국은 대부분 중소기업 요건을 충족하지만, 소비성서비스업이 아니고 매출 기준을 넘지 않는지는 조세특례제한법 시행령 제2조로 한 번 확인해야 합니다.

단순 가정 예시로 수원의 한 약국을 놓고 세어 보겠습니다. 2025년에는 전산원 1명과 카운터 직원 1명이 12개월 근무했고, 29세 근무약사가 7월에 근로계약으로 입사해 6개월 근무했으니 상시근로자는 2.5명, 그중 청년등은 0.5명입니다. 2026년에는 세 명이 모두 12개월 근무하고, 전년에 주 10시간이던 파트 약사가 주 15시간으로 늘어 0.5명이 추가되어 3.5명, 청년등은 1.0명이 됩니다. 전체 증가 1.0명 가운데 청년등 증가 0.5명에 700만 원을 곱한 350만 원과 청년등 외 증가 0.5명에 400만 원을 곱한 200만 원을 더해 2026년 공제액은 550만 원입니다. 2027년에도 3.5명을 유지하면 직전 연도 대비 증가는 0이지만 전전 연도인 2025년 대비 증가분이 살아나 0.5명에 1,600만 원, 0.5명에 900만 원을 곱한 1,250만 원이 공제됩니다. 이 계산은 모든 인원의 근로기간이 1년을 넘고 최저한세에 걸리지 않는다는 가정 위에 있으며, 실제 금액은 신고 시점 기준으로 다시 확인해야 합니다. 여기부터는 개별 판단입니다. 개인사업자의 최저한세는 산출세액 3천만 원 이하 부분의 35%, 초과 부분의 45%이고 제29조의8 공제는 최저한세 적용 대상이므로, 성실신고확인 대상 약국처럼 산출세액이 큰 곳과 감면이 겹치는 곳은 결과가 다르게 나옵니다.

인원이 줄면 추징되나요, 다른 감면과 함께 받을 수 있나요?

가장 많이 바뀐 부분이 사후관리입니다. 종전 제29조의8 제3항, 즉 공제받은 뒤 인원이 줄었을 때 공제받은 세액을 다시 내도록 한 조항은 삭제되었습니다. 2026년 증가분부터는 인원이 줄어도 추징이 없고, 대신 위에서 본 것처럼 B와 C가 줄어든 인원을 기준으로 계산되어 2·3년차 공제가 작아지거나 사라지는 방식으로 바뀐 것입니다. 다만 개정 법률 부칙은 2024년과 2025년 과세연도에 인원이 늘어 공제받은 경우 그 해와 그 뒤 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 공제와 추징은 종전 규정에 따른다고 정하고 있습니다. 2025년에 근무약사를 채용해 공제받은 약국이 2026년이나 2027년에 인원을 줄이면 종전 사후관리가 그대로 작동한다는 뜻이므로, 한 약국 안에 두 규정이 함께 걸리는 시기라는 점을 기억해야 합니다. 정규직 전환자와 육아휴직 복귀자에 대한 별도 공제는 제29조의8 제7항에 따라 전환일이나 복직일부터 2년 안에 근로관계가 끝나면 지금도 추징됩니다.

중복 적용은 조문을 그대로 읽는 것이 가장 안전합니다. 조세특례제한법 제127조 제4항은 감면과 공제 중 하나만 고르도록 하는 목록을 두고 있는데, 제29조의8은 그 목록에 없습니다. 따라서 약국이 흔히 받는 제7조 중소기업특별세액감면(소매업 소기업 10%)과 통합고용세액공제는 문언상 같은 해에 함께 적용할 수 있습니다. 반면 같은 항 단서는 제6조 창업중소기업 세액감면을 받는 경우 제29조의7이나 제29조의8을 동시에 적용하지 않는다고 정하고, 부칙상 이 개정규정은 시행일이 속하는 과세연도부터 적용됩니다. 약국은 소매업이라 창업감면 업종에 들지 않으므로 이 단서가 문제 되는 경우는 드물지만, 다른 업종을 겸영하는 사업자라면 선택 문제가 생길 수 있습니다. 제127조 제11항은 제29조의7 고용증대세액공제나 제30조의4 사회보험료 세액공제를 받지 않은 경우에만 제29조의8을 적용한다고 하므로, 2024년 이전 증가분으로 종전 공제를 이어받고 있는 약국은 어느 쪽을 적용하는지 연도별로 정리해야 합니다.

세 가지 부수 규정도 챙겨야 합니다. 첫째, 농어촌특별세법 제4조와 그 시행령의 비과세 목록에 제29조의8은 들어 있지 않으므로 공제세액의 20%가 농어촌특별세로 과세됩니다. 둘째, 제144조에 따라 당해 연도에 낼 세액이 없거나 최저한세에 걸려 공제받지 못한 금액은 다음 과세연도부터 10년간 이월됩니다. 셋째, 제128조 제1항은 추계신고 시 이 공제를 배제하므로 장부 기반 신고가 전제입니다. 약국은 소매업으로 분류되어 직전 과세기간 수입금액 3억 원 이상이면 복식부기 의무자이고, 해당 과세기간 수입금액 15억 원 이상이면 성실신고확인 대상입니다. 신청은 시행령 제26조의8 제11항에 따라 과세표준 신고 때 세액공제신청서와 공제세액계산서, 상시근로자 명세서를 함께 제출해야 하며, 명세서에는 사람별 근무개월 수와 청년등 해당 여부가 들어가므로 입사일과 생년월일, 근로계약 형태를 연초부터 정리해 두는 것이 실무의 핵심입니다. 여기부터는 개별 판단입니다. 세액공제를 늘리기 위해 서류상 고용 형태만 바꾸는 것은 근로기준법과 4대보험 문제를 함께 부르므로, 실제 근무 형태를 그대로 반영한 계약과 신고가 전제입니다.

단톡방에서는 어떤 이야기가 오가나요? (각색 예시)

실제 상담을 바탕으로 각색한 예시입니다. 한 약국장님이 근무약사를 한 명 더 채용하면서 기존 선생님처럼 3.3%로 급여를 주면 고용세액공제가 되는지 물었습니다. 저희는 시행령 제26조의8이 근로기준법상 근로계약을 맺은 근로자만 상시근로자로 보고 근로소득 원천징수나 국민연금·건강보험 납부 사실이 없는 사람을 제외한다는 점을 설명했고, 기존 선생님의 출퇴근과 고정급 조건을 들은 뒤에는 세액공제보다 먼저 노무사와 고용 형태를 정리하자고 안내했습니다. 토요일에만 나오는 주 15시간 파트 약사는 0.5명으로 들어오지만 단시간근로자는 청년등이 아니라 400만 원 쪽이라는 점, 2025년에 받은 공제는 종전 사후관리가 남아 있어 올해 전산원이 그만두면 추징이 있을 수 있다는 점까지 한 번에 정리했습니다. 약국 고용세액공제 세무사가 단톡방에서 하는 일은 결국 채용과 퇴직이 생기는 그 달에 인원 산입 영향을 바로 답하는 것입니다.

자주 묻는 질문

자가진단: 올해 상시근로자 명세서를 다시 세어 봐야 하는 약국

• 근무약사 가운데 한 명 이상에게 3.3% 사업소득으로 급여를 지급하고 있다
• 배우자나 자녀가 약국에서 근무하며 급여를 받고 있다
• 주 15시간 안팎의 파트 약사가 있는데 근로계약서에 소정근로시간이 적혀 있지 않다
• 2024년이나 2025년에 고용증대 또는 통합고용 세액공제를 받았고 올해 직원이 줄었다
• 60세 이상 카운터 직원을 채용했지만 근로계약 체결일을 따로 기록하지 않았다
• 지난 종합소득세 신고에서 공제세액계산서와 상시근로자 명세서를 낸 기억이 없다
• 성실신고확인 대상인데 세액공제와 최저한세, 농어촌특별세를 함께 계산해 본 적이 없다

왜 약국 고용 세액공제를 전문가에게 맡겨야 하나요?

1부에서 본 문제는 세 가지로 압축됩니다. 누가 상시근로자인지, 몇 명으로 세는지, 어느 연도 규정이 걸리는지입니다. 저희 사무소는 이 세 가지를 기장 과정 안에서 처리합니다. 먼저 비용을 투명하게 합니다. 상시근로자 명세서 작성과 세액공제 신청은 별도 수수료 없이 기장 보수 안에서 처리하고, 신고 전에 예상 공제액과 농어촌특별세, 최저한세 영향을 숫자로 먼저 보여 드립니다. 공제액이 커 보여도 농어촌특별세 20%와 최저한세를 빼면 손에 남는 금액이 달라지기 때문입니다.

둘째, 1:1 대표 단톡방을 씁니다. 근무약사 채용, 파트 약사의 근무시간 변경, 카운터 직원 퇴직처럼 인원이 움직이는 사건을 그 달에 올려 주시면 대표세무사가 상시근로자 산입 영향을 바로 답합니다. 60시간 기준과 1년 미만 기준은 연말에 세어 보면 이미 늦고, 연초부터 입사일과 생년월일, 계약 형태를 기록해 두어야 명세서가 맞습니다. 셋째, 다양한 업종을 관리한 경험이 있습니다. 약국뿐 아니라 병의원과 미용실, 학원처럼 단시간 근로자와 프리랜서가 섞인 사업장을 함께 관리하면서 3.3%와 근로소득의 경계에서 생기는 사례를 꾸준히 다뤄 왔고, 필요하면 노무 전문가와 함께 고용 형태를 정리합니다. 약국 고용세액공제 세무사에게 맡기는 가치는 공제액 계산 자체보다 이 경계를 안전하게 넘는 데 있습니다.

넷째, 매달 손익·세무 리포트를 드립니다. 월 리포트에는 그 달의 상시근로자 수 추이와 함께 2024년과 2025년 증가분에 남아 있는 종전 사후관리 기간을 표시하고, 2026년 이후 증가분은 다음 해 B와 C 공제 예상치를 함께 적어 둡니다. 인원을 조정하기 전에 추징 여부와 다음 해 공제 변화를 미리 볼 수 있어, 약국장님이 채용과 퇴직을 결정할 때 세금 변수를 숫자로 확인할 수 있습니다. 약국 고용세액공제 세무사로서 저희가 약속하는 것은 결과가 아니라 과정입니다. 근로계약서와 급여대장을 함께 보고, 조문 그대로 세고, 바뀐 규정과 종전 규정이 겹치는 시기를 연도별로 구분해 신고하는 과정입니다.

본 글은 일반적인 세무 정보이며 개별 상황에 대한 세무 자문을 대체하지 않습니다. 본문 대화와 사례는 각색 예시이고 계산은 단순 가정 예시이며 결과를 보장하지 않습니다. 공제액과 요건, 적용 시기는 개정될 수 있어 신고 시점 기준 확인이 필요하고, 근로자성 판단과 고용 형태 변경은 노무 전문가 상담을 병행해야 합니다.