약국 예정고지 세무사, 10월 부가세 고지서는 직전 1기 납부세액의 절반이고 50만 원 미만이면 아예 나오지 않으며 3분기에 설비 투자를 했다면 고지 대신 예정신고로 조기환급을 택할 수 있습니다

10월에 오는 부가세 고지서는 무엇을 기준으로 계산되나요?

10월 첫 주가 지나면 약국으로 부가가치세 고지서가 한 장 도착합니다. 약국 예정고지 세무사 상담에서 가장 먼저 나오는 질문은 늘 같습니다. "3분기에 얼마 팔았는지 세무서가 어떻게 알고 금액을 정했나요?" 답은 간단합니다. 세무서는 3분기 매출을 모릅니다. 이 고지서는 올해 3분기 장사 결과를 본 숫자가 아닙니다. 지난 7월에 신고한 직전 1기(1~6월) 납부세액의 50%를 그대로 옮겨 적은 금액입니다.

부가가치세법 제48조는 원칙적으로 사업자가 7~9월분을 10월 25일까지 예정신고하도록 하면서, 개인사업자에 대해서는 신고를 시키지 않고 관할 세무서장이 직전 과세기간 납부세액의 50%를 결정해 징수하도록 정하고 있습니다. 약국은 약사 개인이 개설하는 사업장이므로 모두 이 조항의 적용을 받습니다. 여기서 말하는 납부세액은 신용카드 매출전표 발행세액공제, 전자신고 세액공제처럼 납부세액에서 공제하거나 경감한 세액을 이미 뺀 금액입니다. 7월 신고서에서 실제로 납부한 금액을 떠올리면 됩니다. 그 절반에서 1천 원 미만을 버린 것이 10월 고지액입니다. 7월 신고 뒤 수정신고나 경정청구로 세액이 바뀌었다면 바뀐 내용이 반영됩니다.

고지서는 시행령에 따라 10월 1일부터 10일 사이에 발부되고, 납부기한은 예정신고기간이 끝난 뒤 25일입니다. 2026년은 10월 25일이 일요일이어서 국세기본법의 기한 특례에 따라 10월 26일 월요일이 기한이 됩니다. 이렇게 낸 세액은 사라지는 돈이 아닙니다. 내년 1월 확정신고 때 7~12월 여섯 달 치를 계산한 뒤 예정고지로 낸 금액을 차감하고 나머지만 납부합니다. 다만 7월 신고 이후 세액이 정정된 이력이 있거나 고지액이 기억과 다르다면, 어느 숫자가 기준이 되었는지는 직전기 신고서를 놓고 개별적으로 대조해야 하는 지점입니다.

약국은 왜 고지 금액이 작거나 고지서가 아예 오지 않나요?

같은 상가의 음식점은 수백만 원이 나왔는데 약국은 몇십만 원이거나 고지서가 없는 경우가 흔합니다. 이유는 약국의 매출 구조에 있습니다. 부가가치세법과 그 시행령은 약사가 제공하는 의약품의 조제용역을 면세로 정하고 있습니다. 처방전에 따른 조제 매출에는 부가가치세가 붙지 않고, 그 대신 조제용 의약품을 살 때 부담한 매입세액도 공제받지 못합니다. 납부세액이 생기는 것은 일반의약품, 건강기능식품, 의약외품처럼 과세로 판매하는 부분뿐입니다. 처방 조제 비중이 높은 약국일수록 직전기 납부세액이 작고, 그 절반인 고지액도 작아집니다.

여기에 법이 정한 징수 제외 사유가 겹칩니다. 제48조 제3항 단서는 세 가지 경우에 예정고지를 하지 않는다고 정합니다. 첫째가 징수하여야 할 금액이 50만 원 미만인 경우입니다. 직전 1기 납부세액이 100만 원에 못 미치는 약국은 고지서가 나오지 않는다는 뜻입니다. 둘째는 간이과세자에서 그 과세기간 개시일 현재 일반과세자로 바뀐 경우, 셋째는 재난·도난, 사업의 현저한 손실, 질병 등 국세징수법상 납부기한 연장 사유로 세무서장이 납부할 수 없다고 인정한 경우입니다. 또 직전 1기에 인테리어나 설비 투자로 환급을 받았거나 올해 하반기에 개국해 직전 과세기간 납부세액 자체가 없는 약국도 계산할 기준이 없어 고지가 없습니다.

위 표는 단순 가정 예시입니다. 검산하면 240만 원의 50%는 120만 원, 90만 원의 50%는 45만 원으로 기준선 50만 원에 못 미칩니다. 반대로 일반약과 건강기능식품 매출 비중이 큰 약국은 직전기 납부세액이 컸던 만큼 고지액도 큽니다. 주의할 점은 고지서가 오지 않았다고 세금이 없어진 것이 아니라는 사실입니다. 고지가 없던 약국은 내년 1월에 7~12월분 전체를 한 번에 신고하고 납부하게 되므로, 그 금액을 미리 가늠해 두지 않으면 1월 자금 계획이 흔들립니다.

한 가지 덧붙이면, 약국에는 간이과세자의 7월 예정부과 제도가 해당되지 않습니다. 부가가치세법 시행령은 약사업을 간이과세가 배제되는 업종으로 열거하고 있어 약국은 매출 규모와 관계없이 일반과세자입니다. 다른 업종 사장님에게 들은 "7월에 고지서가 온다"는 이야기는 간이과세자의 일이고, 약국의 시간표는 4월과 10월 예정고지, 7월과 1월 확정신고로 짜여 있습니다. 과세와 면세에 함께 쓰이는 매입세액은 공급가액 비율로 안분한다는 원칙만 여기서 짚어 두고, 약국마다 직전기 납부세액이 왜 그 금액이었는지는 과세 매출 비중과 안분 결과를 놓고 개별적으로 판단해야 합니다.

고지서 대신 예정신고를 선택할 수 있는 경우는 언제인가요?

고지된 금액이 지금 실적과 맞지 않을 때, 법은 고지 대신 직접 신고하는 길을 열어 두었습니다. 다만 원한다고 아무나 택할 수 있는 것은 아닙니다. 부가가치세법 시행령 제90조는 두 가지 사유를 정하고 있습니다. 하나는 휴업이나 사업 부진 등으로 7~9월의 공급가액 또는 납부세액이 직전 과세기간의 공급가액 또는 납부세액의 3분의 1에 미달하는 경우입니다. 다른 하나는 조기환급을 받으려는 경우입니다. 이 사유에 해당하는 사업자가 기한까지 예정신고를 하고 7~9월분 세액을 납부하면, 세무서장의 고지 결정은 없었던 것으로 봅니다.

첫 번째 사유를 숫자로 보겠습니다. 직전 1기 납부세액이 240만 원이었다면 3분의 1은 80만 원입니다. 인근 병원 이전으로 유동 인구가 줄어 7~9월 석 달의 납부세액이 70만 원에 그쳤다면 3분의 1에 미달하므로 예정신고를 택할 수 있고, 고지된 120만 원 대신 70만 원을 납부하게 됩니다. 어차피 1월에 정산되는 세금이지만 석 달 동안 50만 원의 자금 여유가 생깁니다. 반대로 석 달 납부세액이 100만 원이었다면 요건에 해당하지 않으므로 고지대로 내고 1월에 정산하는 것이 순서입니다. 이것은 세금을 줄이는 방법이 아니라 납부 시점을 실제 실적에 맞추는 절차라는 점을 분명히 해 둡니다.

두 번째 사유인 조기환급은 3분기에 약국을 새로 꾸몄거나 설비를 들인 경우에 의미가 있습니다. 부가가치세법 제59조는 사업 설비를 신설·취득·확장 또는 증축하는 경우 환급세액을 조기에 환급할 수 있다고 정하고, 시행령은 이 사업 설비를 감가상각자산으로 규정합니다. 예정신고서에 건물 등 감가상각자산 취득명세서를 첨부해 신고하면 예정신고기한이 지난 후 15일 이내에 환급하도록 되어 있습니다. 1월 확정신고까지 기다렸다가 받는 것보다 몇 달 빠릅니다. 더 서두르려면 매월 또는 2개월 단위로 조기환급기간이 끝난 날부터 25일 이내에 신고하는 방법도 있습니다.

다만 약국에는 면세라는 한계가 있습니다. 조제 전용으로 쓰는 자동조제기의 매입세액은 처음부터 공제 대상이 아니어서 조기환급 계산에 들어가지 않습니다. 매장 전체 인테리어처럼 조제와 판매에 함께 쓰이는 지출만 과세 비율만큼 공제됩니다. 시행령은 예정신고 때에는 그 예정신고기간의 공급가액 비율로 안분하고 확정신고 때 정산하도록 하고 있어, 7~9월 비율과 하반기 전체 비율이 다르면 1월에 금액이 조정됩니다.

검산하면 인테리어 매입세액 500만 원에 과세 비율 20%를 곱해 100만 원, 석 달 납부세액 40만 원(150만 원에서 110만 원을 뺀 금액)에서 100만 원을 빼면 60만 원 환급입니다. 이 경우 고지된 120만 원을 내는 대신 예정신고로 60만 원을 돌려받는 쪽을 검토할 수 있습니다. 그러나 과세 비율이 더 낮거나 석 달 납부세액이 더 크면 환급세액이 생기지 않을 수 있고, 그때는 조기환급 사유가 성립하지 않습니다. 환급이 나오는지, 고지대로 내는 것이 나은지는 7~9월 실제 숫자를 놓고 개별적으로 판단해야 하는 지점입니다.

예정고지 세액을 기한 안에 못 내면 어떻게 되나요?

고지서가 왔다고 해서 신고 의무가 생기는 것은 아니고, 기한까지 납부만 하면 됩니다. 문제는 고지서를 우편함에 둔 채 26일을 넘기는 경우입니다. 국세기본법 제47조의4는 지정납부기한까지 내지 않은 세액에 대해 미납세액의 3%를 납부지연가산세로 부과합니다. 여기에 2025년 말 개정으로 2026년 7월 1일부터는 지정납부기한 다음 날부터 납부일 전날까지 경과한 개월 수에 월 1만분의 67을 곱한 금액이 더해집니다. 개정법 부칙은 2026년 6월 30일 이전에 지정납부기한이 지난 경우에만 종전 규정을 따르도록 했으므로, 이번 10월 고지분은 새 규정이 적용되는 구간입니다. 다만 같은 조 제8항은 체납된 국세의 납부고지서별·세목별 세액이 150만 원 미만이면 월 단위 가산 부분을 적용하지 않는다고 정합니다.

앞의 예시에 대입해 보면, 120만 원 고지분을 놓친 약국은 3%인 36,000원이 붙고 150만 원 미만이므로 월 가산은 없습니다. 200만 원 고지분은 3%인 60,000원에 더해 월 13,400원(200만 원에 1만분의 67을 곱한 금액)이 개월 수만큼 붙는 구조입니다. 개월 수를 세는 방식과 실제 부과액은 독촉 고지서 기재 내용으로 확인해야 합니다. 자금 사정이 정말 어렵다면 국세징수법 제13조에 따라 재난, 사업의 현저한 손실, 6개월 이상 치료가 필요한 질병 등의 사유로 납부기한 연장을 신청할 수 있습니다. 기한 만료일 10일 전까지 신청했는데 세무서장이 10일 안에 답하지 않으면 승인한 것으로 보는 규정도 있습니다. 어떤 사정이 연장 사유로 인정되는지는 세무서장이 판단하는 영역이어서 개별 사정을 놓고 봐야 합니다.

10월 예정고지와 11월 중간예납은 어떻게 다른가요?

10월 고지서를 내고 한 달 뒤 또 고지서가 오면 "같은 세금을 두 번 내는 것 아니냐"는 문의가 옵니다. 둘은 전혀 다른 세금입니다. 10월은 부가가치세, 11월은 종합소득세라는 점만 기억해도 혼동의 절반은 사라집니다. 약국 예정고지 세무사 상담에서는 아래 표처럼 두 고지서를 나란히 놓고 설명합니다.

부가가치세는 과세 매출 몫에서만 생기지만 종합소득세는 조제 수입을 포함한 약국 전체 소득에 매겨집니다. 그래서 10월 고지서가 없거나 작았던 약국도 11월 고지서는 금액이 클 수 있습니다. 두 고지서의 기준이 다르다는 것을 알고 있어야 4분기 자금 계획을 세울 수 있고, 각각 고지대로 낼지 신고로 바꿀지는 따로 판단해야 합니다.

단톡방에서는 어떤 이야기가 오가나요? (각색 예시)

각색 예시입니다. 한 약사님이 120만 원 고지서 사진을 올리며 8월에 인테리어를 다시 했는데도 그대로 내야 하는지 물으셨습니다. 대표세무사는 그 금액이 1기 납부세액 240만 원의 절반일 뿐 공사와는 무관하게 나온 숫자라고 설명하고, 설비 투자로 환급세액이 생기면 예정신고로 조기환급을 신청할 수 있다고 안내했습니다. 약사님이 자동조제기 부가세도 돌려받느냐고 묻자, 조제 전용이면 면세사업 매입세액이라 공제 대상이 아니고 함께 쓰는 인테리어만 과세 비율만큼 들어간다고 답했습니다. 계산 결과 환급이 나오지 않으면 고지대로 내는 것이 맞다는 점도 함께 전했고, 기한 전에 두 경우의 금액을 나란히 정리해 드리기로 하고 대화를 마쳤습니다.

자주 묻는 질문

자가진단: 우리 약국은 10월 고지서를 점검해야 하나요?

• 고지서 금액이 7월에 납부한 부가세의 절반과 맞는지 확인해 보지 않았다
• 7~9월 사이에 인테리어 공사나 설비 투자를 했다
• 3분기 일반의약품·건강기능식품 매출이 상반기보다 크게 줄었다
• 고지서가 오지 않아 1월에 낼 금액이 얼마인지 모른다
• 10월 부가세 고지와 11월 소득세 고지를 구분하지 못한다
• 전자고지 신청 여부와 고지서를 받는 경로를 모른다
• 7월 신고 이후 수정신고나 경정청구를 한 적이 있다

세 개 이상 해당한다면 납부기한 전에 직전기 신고서와 3분기 매출 자료를 놓고 점검해 보시기를 권합니다.

왜 약국 예정고지를 세무사와 함께 확인해야 하나요?

고지서 한 장은 금액만 보면 단순하지만, 그 뒤에는 직전기 신고서, 7~9월 과세·면세 매출, 설비 투자 내역이라는 세 가지 자료가 걸려 있습니다. 약국 예정고지 세무사 업무의 핵심은 이 세 자료를 겹쳐 보고 고지대로 낼지, 예정신고로 바꿀지, 조기환급을 신청할지를 기한 전에 정하는 일입니다. 저희 사무소는 먼저 투명한 비용을 원칙으로 합니다. 예정신고나 조기환급 신고가 기장 범위에 포함되는지, 별도 비용이 생기는지를 일을 시작하기 전에 말씀드립니다. 환급액보다 수수료가 더 드는 신고는 권하지 않습니다.

1:1 대표 단톡방에서는 고지서 사진 한 장이면 충분합니다. 대표세무사가 직전기 신고서와 대조해 금액의 근거를 확인하고, 고지서가 오지 않은 약국에는 그 이유와 1월 예상 납부액을 알려 드립니다. 면세와 과세가 섞인 업종의 안분과 조기환급을 여러 업종에서 다뤄 온 다양한 업종 관리 경험은 조제 전용 설비와 공통 사용 설비를 나누는 판단에 그대로 쓰입니다. 그리고 매달 손익·세무 리포트로 과세 매출과 면세 매출을 달마다 정리해 두기 때문에, 3분기 실적이 직전기의 3분의 1에 못 미치는지를 10월에 따로 자료를 모으지 않고도 바로 확인할 수 있습니다. 개업 4년차 사무소로서 과장된 약속 대신 조문과 숫자로 설명드리는 것을 원칙으로 합니다.

약국 예정고지 세무사 상담이 필요하시면 고지서와 직전 1기 부가가치세 신고서를 준비해 연락 주시기 바랍니다. 본 글은 일반적인 세무 정보이며 개별 상황에 대한 세무 자문을 대체하지 않습니다. 본문 대화·사례·계산은 각색 및 단순 가정 예시이며 결과를 보장하지 않습니다. 가산세율, 공제율, 기한 등은 개정될 수 있으므로 고지서 기재 내용과 신고 시점 기준으로 확인이 필요합니다.