약국 지방소득세 세무사, 종합소득세를 6월 30일까지 냈어도 위택스에서 지방소득세를 따로 신고하지 않으면 무신고이고 중소기업특별세액감면 10%는 지방소득세에서도 10%가 따라오지만 그 연동 조문은 2026년 말에 끝납니다
약국 종합소득세 신고를 마치고 몇 달 뒤 구청에서 지방소득세 무신고 안내문을 받는 약사님이 매년 있습니다. 소득세는 분명히 냈는데 왜 무신고인지 묻는 상담에서 설명드리는 첫 문장은 같습니다. 개인지방소득세는 소득세의 부가세가 아니라 별도 세율표와 별도 납세지, 별도 가산세 체계를 가진 다른 세금입니다. 그래서 신고도 따로 하고, 감면도 따로 따라오고, 환급도 따로 청구합니다. 약국 지방소득세 세무사가 신고 때마다 확인하는 다섯 갈래, 즉 구조·감면 연동·가산세·경정청구·특별징수를 순서대로 정리했습니다.
약국 지방소득세는 어떻게 계산하고 어디에 신고하나요
과세표준은 지방세법 §91①에 따라 소득세 과세표준과 같은 금액입니다. 세율은 §92①이 따로 정하는데 1,400만 원 이하 0.6%부터 10억 원 초과 4.5%까지 여덟 구간이고, 소득세 기본세율의 10분의 1 구조입니다. 다만 §92②에 따라 지방자치단체가 조례로 표준세율의 50% 범위에서 가감할 수 있어 표준세율이라는 점은 알아 두셔야 합니다. 납세지는 §89①에 따라 소득세법상 납세지, 즉 약국 소재지가 아니라 약사의 주소지 시·군·구입니다. 화성에 약국이 있고 집이 수원이면 수원에 신고합니다.
| 과세표준 | 세율 | 산식 |
|---|---|---|
| 1,400만 원 이하 | 0.6% | 과세표준 × 0.6% |
| 1,400만 ~ 5,000만 | 1.5% | 8만 4천 + 초과분 × 1.5% |
| 5,000만 ~ 8,800만 | 2.4% | 62만 4천 + 초과분 × 2.4% |
| 8,800만 ~ 1억 5천만 | 3.5% | 153만 6천 + 초과분 × 3.5% |
| 1억 5천만 ~ 3억 | 3.8% | 370만 6천 + 초과분 × 3.8% |
| 3억 ~ 5억 | 4.0% | 940만 6천 + 초과분 × 4.0% |
| 5억 ~ 10억 | 4.2% | 1,740만 6천 + 초과분 × 4.2% |
| 10억 초과 | 4.5% | 3,840만 6천 + 초과분 × 4.5% |
신고기한은 §95①이 소득세 과세표준확정신고를 하는 경우 해당 신고기한까지 지방소득세도 신고·납부하도록 정해 소득세를 따라갑니다. 일반 약국은 5월 31일, 성실신고확인서를 제출하는 약국은 소득세법 §70의2에 따라 6월 30일입니다. 약국은 의약품 소매업이라 성실신고 기준이 소득세법 시행령 §133①1호의 도매 및 소매업 구간인 수입금액 15억 원입니다. 홈택스에서 소득세 신고를 마치면 위택스로 실시간 연계되어 개인지방소득세를 한 번에 신고할 수 있는데, 행정안전부는 2026년 5월 안내에서 소득세를 기한 내 신고하더라도 개인지방소득세를 신고하지 않으면 무신고가산세가 부과된다고 명시했습니다. 그 연계 단계가 바로 안내문의 출발점입니다. 한편 11월 소득세 중간예납 고지서에는 지방소득세가 없습니다. 지방세법에 개인지방소득세 중간예납 규정이 없어 확정신고 때 한 번에 내고, 납부세액이 100만 원을 넘으면 §95④에 따라 납부기한 뒤 2개월 안에 분납할 수 있습니다.
약국 중소기업특별세액감면은 지방소득세에도 적용되나요
적용됩니다. 지방세특례제한법 §167의2①은 소득세법 또는 조세특례제한법에 따라 소득세가 세액공제·감면되는 경우 그 공제·감면되는 금액의 100분의 10에 해당하는 개인지방소득세를 공제·감면하도록 정합니다. 약국은 조특법 §7①2호 가목에 따라 소기업이 도매 및 소매업(의약품 소매)을 경영하는 사업장으로 감면율 10%를 받고, 이 감면은 수도권 여부와 무관합니다. 중기업은 수도권 외 지역에서만 5%이고 한도는 1억 원, 적용기한은 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지입니다. 약국 지방소득세 세무사가 감면 약국의 지방세 신고서를 다시 여는 이유는 이 10%의 10%가 신고서 칸 하나로 빠지기 때문입니다. 성실신고확인비용 세액공제도 같습니다. 조특법 §126의6에 따라 확인 비용의 60%, 한도 120만 원을 공제받으면 지특법 §166에 따라 그 10%가 지방소득세에서도 공제됩니다. 참고로 창업중소기업 감면 §6는 소매업이 대상이 아니라 약국에는 처음부터 연동할 것이 없습니다.
| 국세 항목 | 약국 기준 | 지방소득세 연동 |
|---|---|---|
| 중소기업특별세액감면 §7 | 소기업 도매·소매업 10%, 수도권 여부 무관 · 중기업은 수도권 외만 5% · 한도 1억 · 2028.12.31 | 감면액의 10% 추가 감면 (지특법 §167의2) |
| 성실신고확인비용 세액공제 §126의6 | 확인 비용의 60%, 한도 120만 원 | 공제액의 10% (지특법 §166) |
| 전자신고 세액공제 | 국세 2만 원 | 납세자 직접 전자신고 시 2천 원 (지특법 §167의3) |
| 창업중소기업 감면 §6 | 약국(소매업)은 대상 아님 | 연동 없음 |
| 연동 조문 적용기한 | 지특법 §167의2는 2026년 12월 31일까지 적용(연장 여부 확인) |
두 가지를 함께 기억하셔야 합니다. 첫째, 적용기한입니다. §167의2의 연동 규정은 부칙으로 2026년 12월 31일까지 적용하도록 되어 있고 그동안 여러 차례 연장되어 왔습니다. 2027년 신고 시점의 개정 여부는 지금 단정할 수 없습니다. 둘째, 배제 사유도 같이 따라옵니다. 조특법 §128②는 결정이나 기한후신고의 경우, ④는 사업용계좌를 신고하지 않거나 현금영수증가맹점에 가입하지 않은 경우 §7 감면을 배제합니다. 약국은 복식부기의무자라 소득세법 §70④ 후단에 따라 복식부기의무자가 재무제표를 첨부하지 않으면 확정신고를 하지 않은 것으로 보고, 지방세법 §99②는 그 경우 지방소득세 확정신고도 하지 않은 것으로 봅니다. 추계로 신고하면 두 세금이 함께 무신고가 되고 감면과 연동분이 함께 사라지며, 감면이 추징되면 §167의2③에 따라 지방소득세도 이자상당액과 함께 내야 합니다. 여기부터는 개별 판단입니다. 소기업 여부는 중소기업기본법 시행령의 매출 기준으로 판정하므로 매출 규모가 큰 약국은 먼저 확인해야 합니다.
지방소득세 가산세와 경정청구는 국세와 어떻게 다른가요
가산세는 지방세기본법을 따릅니다. §53 무신고 20%(부정 40%), §54 과소신고 10%, §55 납부지연 1일 10만분의 22입니다. 지방세법 §99①은 소득세법상 가산세의 10%도 지방소득세에 붙이되 무기장가산세와 지방세기본법 가산세가 겹치면 큰 쪽만 적용합니다. 국세 무신고와 지방세 무신고는 각각 성립하므로 소득세를 기한 내 냈다는 사실이 지방세 가산세를 막아 주지 않습니다.
환급은 더 자주 빠집니다. 지방세법 §96①은 소득세 수정신고나 경정청구를 한 경우 지방세기본법에 따른 경정청구를 별도로 하여야 한다고 정합니다. 국세 경정청구로 소득세를 돌려받았다고 지방소득세가 자동으로 돌아오지 않습니다. 기한은 지방세기본법 §50①에 따라 법정신고기한부터 5년이고, 청구를 받은 지방자치단체장은 2개월 안에 결정해 통지하며, 환급도 §60에 따라 세무서가 아닌 지방자치단체장이 지방세환급금으로 결정합니다. 감면 누락이나 필요경비 누락으로 국세 경정청구를 낸 약국이라면 같은 해 지방소득세 청구서가 함께 제출되었는지 확인해 보셔야 합니다. 약국 지방소득세 세무사가 경정청구 상담에서 국세 결정통지서와 함께 위택스 환급 내역을 요청하는 이유입니다.
약국 직원 급여의 지방소득세는 어떻게 내나요
특별징수입니다. 지방세법 §103의13①은 원천징수하는 소득세의 10%를 소득세 원천징수와 동시에 개인지방소득세로 특별징수하도록 하고, ②는 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납부하되 소득세법 §128②에 따라 반기별로 납부하는 경우 반기의 마지막 달의 다음 달 10일까지 낼 수 있게 합니다. 반기납부 승인을 받은 약국은 원천세와 특별징수 지방소득세가 같은 일정으로 움직입니다. 대체약사나 단기 아르바이트에게 3.3%를 떼는 사업소득 원천징수에서 소득세법 §129①3호의 3%에 붙는 0.3%가 바로 이 특별징수분입니다. 납세지는 §89③에 따라 근무지, 즉 약국 소재지 시·군·구이고 고지서 1장당 2천 원 미만은 §103의60에 따라 징수하지 않습니다. 여기부터는 개별 판단입니다. 약국이 두 곳이면 특별징수 납세지가 근무지별로 갈리고, 종합소득분은 주소지 한 곳으로 모입니다.
자주 묻는 질문
신고 후 자가진단 7문항
- 올해 종합소득세 신고 뒤 위택스에서 개인지방소득세 신고 완료 화면을 확인했는가
- 지방소득세 납세지가 약국 소재지가 아닌 주소지 시·군·구로 잡혀 있는가
- 중소기업특별세액감면 10%의 지방소득세 연동분이 신고서에 반영되어 있는가
- 성실신고확인비용 세액공제의 10%가 지방소득세에서도 공제되었는가
- 최근 5년 안에 국세 경정청구로 환급받은 해가 있다면 지방소득세도 따로 청구했는가
- 직원 급여·대체약사 3.3%의 특별징수 지방소득세를 반기납부 일정에 맞춰 내고 있는가
- 사업용계좌 신고와 현금영수증가맹점 가입이 되어 있어 감면 배제 사유가 없는가
약국 지방소득세, 왜 국세와 함께 맡겨야 하나요
지방소득세 문제는 대부분 신고 흐름이 끊기는 지점에서 생깁니다. 종합소득세 신고 직후 위택스 연계 신고까지 같은 날 처리하고, 감면과 공제의 연동 칸이 채워졌는지 대표세무사가 신고서를 직접 확인합니다. 사업용계좌 신고, 현금영수증가맹점 가입, 복식부기 재무제표 첨부처럼 §7 감면과 지방소득세 연동을 한 번에 무너뜨리는 배제 사유는 신고 전에 점검합니다. 국세 경정청구를 낼 때는 지방세기본법 §50 청구서를 함께 작성해 두 환급이 같은 시기에 돌아오도록 합니다.
직원 급여와 대체약사 원천세, 특별징수 지방소득세는 매달 또는 반기 일정표로 관리하고 매달 보내드리는 손익·세무 리포트에 함께 담아 약사님이 조제에 집중하시면서도 납부 일정을 놓치지 않게 합니다. 구청 안내문이나 위택스 오류, 이사에 따른 납세지 변경 같은 질문은 1:1 대표 단톡방에서 대표세무사가 직접 답합니다. 의약품 소매 구간의 성실신고 15억 기준과 조제·판매 겸영 구조를 다뤄 온 경험으로 약국 신고를 보고, 기장료와 신고 수수료는 계약 전에 확정하며 절세 효과를 보장하는 약속은 하지 않습니다. 약국 지방소득세 세무사 상담은 최근 3년 종합소득세 신고서와 위택스 납부 내역을 보내 주시는 것으로 시작합니다.
나승리 대표세무사 · 수원 영통 · 031-546-8146 · 카카오톡 dbg059
본 글은 일반적인 세무 정보이며 개별 상황에 대한 세무 자문을 대체하지 않습니다. 세율·감면·적용기한은 개정과 조례에 따라 달라질 수 있어 신고 시점 기준 확인이 필요합니다. 본문의 대화는 실제 상담을 각색한 예시이며 특정 결과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)