약국 매입세액 세무사, 도매상 세금계산서에는 전문의약품도 10%가 붙어 오지만 조제로 나간 약의 부가세는 돌려받지 못하고 원가로 남으며 판매용으로 공제받은 약을 조제실로 옮기면 간주공급입니다

약국이 사 오는 의약품에는 왜 전부 부가세가 붙어 있나요

약국 부가가치세 상담에서 가장 자주 듣는 말이 있습니다. "전문약은 면세라 계산서로 오고, 일반약은 세금계산서로 온다"는 것입니다. 절반은 맞고 절반은 틀립니다. 부가가치세법 시행령 제35조 제4호가 면세로 두는 것은 약사법에 따른 약사가 제공하는 의약품의 조제용역입니다. 면세인 것은 조제라는 용역이지 의약품이라는 물건이 아닙니다. 제26조 면세 열거 어디에도 의약품은 없으므로, 도매상이 약국에 파는 약은 전문의약품이든 일반의약품이든 10%가 붙은 세금계산서로 옵니다. 약국 매입세액 세무사가 매입처별 세금계산서합계표를 먼저 펼치는 이유입니다.

갈리는 지점은 그 약이 약국 밖으로 어떻게 나가느냐입니다. 처방전에 따라 조제해 환자에게 건네는 약값은 공단 요양급여든 본인부담금이든 조제용역의 대가라 면세이고, 손님이 처방 없이 사 가는 일반약·의약외품·건강기능식품은 과세 매출입니다. 그래서 같은 세금계산서에 붙어 온 부가세라도 조제로 나간 약의 부가세는 부가가치세법 제39조 제1항 제7호의 면세사업 관련 매입세액이 되어 공제되지 않고, 판매로 나간 약의 부가세는 공제됩니다. 이 구분을 하지 않고 도매상 세금계산서를 전부 공제하는 약국이 실무에서 가장 흔한 사고를 냅니다.

불공제된 부가세는 버리는 돈이 아닙니다. 소득세법 제33조 제1항 제9호는 부가가치세 매입세액을 필요경비에서 빼면서 단서에서 부가가치세가 면제되는 경우의 세액을 제외하므로, 면세사업분으로 공제받지 못한 매입세액은 그 약의 취득원가에 들어가 매출원가로 빠집니다. 부가세에서 못 받는 대신 소득세에서 빠지는 구조입니다. 여기부터는 개별 판단의 영역입니다. 같은 약이라도 조제와 판매에 모두 쓰이는 품목이 있고, 그 품목의 처리가 다음 문제입니다.

조제와 판매에 모두 쓰는 약의 매입세액은 어떻게 나누나요

순서가 중요합니다. 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액만 안분 대상으로 삼습니다. 처방 조제에만 쓰는 전문의약품은 실지귀속이 분명하므로 안분이 아니라 전액 불공제이고, 판매대에만 올라가는 건강기능식품은 전액 공제입니다. 안분은 어디에 쓰일지 모르는 품목, 그러니까 처방에도 들어가고 판매도 하는 겸용 품목과 임차료·전기료·POS 이용료 같은 공통경비에만 걸립니다. 공통매입세액 중 면세분은 면세공급가액을 총공급가액으로 나눈 비율만큼이고, 그 비율은 예정신고 때 직전 과세기간 것으로 했다가 확정신고 때 해당 과세기간 것으로 정산합니다.

예외도 알아 두셔야 합니다. 제81조 제2항은 해당 과세기간 면세공급가액이 총공급가액의 5% 미만이면 공통매입세액을 전액 공제하되, 공통매입세액이 500만 원 이상이면 예외에서 다시 뺍니다. 조제 비중이 큰 약국은 이 특례와 무관하고, 판매 위주의 드럭스토어형 약국이라면 검토할 여지가 있습니다. 또 하나, 의약품 재고는 감가상각자산이 아니므로 시행령 제83조의 5%p 재계산 대상이 아닙니다. 면세 비율이 크게 바뀌었을 때 되돌리는 재계산은 조제기나 인테리어 같은 자산에만 걸리고, 약 재고는 그 과세기간 안분으로 끝납니다. 약국 매입세액 세무사가 재고 프로그램의 입고 화면에 조제용·판매용·공통 코드부터 만들어 두는 이유가 여기 있습니다. 여기부터는 개별 판단입니다. 어떤 일반약이 '공통'인지는 약국의 처방 구성과 판매 패턴에 따라 다릅니다.

판매용으로 사 온 약을 조제에 쓰면 무슨 일이 생기나요

현장에서 자주 생기는 일입니다. 처방약이 떨어져 판매대에 있던 같은 성분의 일반약을 급히 조제에 쓰는 경우입니다. 그 약은 판매용으로 매입세액을 공제받은 재화입니다. 부가가치세법 제10조 제1항은 사업자가 자기의 과세사업과 관련해 취득해 매입세액을 공제받은 재화를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 봅니다. 이른바 간주공급이고, 약국 매입세액 세무사가 재고 이동 기록을 요구하는 이유입니다. 과세표준은 그 재화의 시가이고, 공제받았던 매입세액을 매출세액으로 되돌려 놓는 셈입니다. 반대 방향은 다릅니다. 조제용으로 불공제 처리한 약을 손님에게 팔면 판매 매출세액만 과세되고 간주공급은 없으며, 뒤늦게 매입세액을 공제받을 길도 없습니다.

이 규정은 폐업 때도 이어집니다. 제10조 제6항은 폐업 시 남아 있는 재화를 자기에게 공급한 것으로 보지만, 그 대상은 매입세액을 공제받은 자기생산·취득재화입니다. 조제용으로 불공제 처리한 재고는 잔존재화 과세 대상이 아니고, 판매용으로 공제받은 재고만 시가로 과세됩니다. 그러니까 조제용·판매용 구분은 매달의 안분 문제이면서 폐업 정산 문제이기도 합니다. 실무 결론은 단순합니다. 재고 프로그램에서 용도별로 구분 입고하고, 용도 변경은 월 단위로 품목·수량·시가를 기록해 두는 것입니다. 여기부터는 개별 판단입니다. 이동 수량이 미미해 실무상 무시할 수준인지, 정기적으로 큰 규모가 오가는지에 따라 관리 방법이 달라집니다.

도매상 세금계산서는 언제까지 받아야 공제되나요

약국은 여러 도매상과 거래하고 한 달에 수백 품목이 오갑니다. 부가가치세법 제34조 제3항은 월합계 세금계산서를 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(공휴일·토요일이면 다음 영업일)까지 발급하도록 합니다. 도매상이 늦게 발급하거나 약국이 늦게 받으면 시행령 제75조가 작동합니다. 공급시기 이후 그 과세기간의 확정신고기한까지 받은 세금계산서의 매입세액은 공제되지만 공급가액의 0.5% 가산세가 붙고, 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 발급된 것은 수정신고나 경정청구를 함께 하거나 결정·경정 과정에서 공제됩니다. 매입처별 세금계산서합계표를 내지 않거나 부실하게 적으면 제60조 제7항으로 0.5%가 또 붙습니다.

반품과 단가 조정도 흔합니다. 유효기간이 임박한 약을 도매상에 반품하면 시행령 제70조의 수정세금계산서가 나오고, 그만큼 매입세액을 차감합니다. 그 약이 조제용 불공제분이었다면 매출원가에서도 함께 빼야 이중 반영이 없습니다. 도매상이 별도로 지급하는 판매장려금과 세금계산서에서 깎아 주는 에누리는 장부에서 다른 줄에 적히는데, 그 구분은 다른 글에서 다뤘습니다. 한 가지 더. 약사법 제47조의3 제2항은 품목허가권자·수입자·도매상이 약국에 의약품을 공급하면 의약품관리종합정보센터에 공급내역을 보고하도록 합니다. 약국의 매입은 제3자 자료로 존재하므로, 매입 누락이든 과다 공제든 대조에 걸리기 쉽습니다.

조제 매출은 부가세 신고서 어디에 적고 현황신고는 어떻게 하나요

겸영 약국은 부가세 신고서에 과세 매출과 함께 면세수입금액란에 조제 매출을 기재합니다. 소득세법 제78조 제1항 제2호 단서는 과세사업과 면세사업을 겸영하면서 면세사업 수입금액을 신고하는 경우에는 사업장현황신고를 한 것으로 본다고 정하므로, 부가세 신고서의 면세수입금액 기재가 곧 2월 사업장현황신고를 갈음합니다. 다만 약국은 시행령 제147조의2에 따라 의료업·수의업과 함께 현황신고 가산세 대상이라, 면세수입금액을 빠뜨리면 수입금액의 0.5%가 붙습니다. 공단 요양급여 지급 자료와 신고 수입금액이 어긋나면 소명 요구가 먼저 옵니다. 여기부터는 개별 판단입니다. 12월 조제분이 1월에 입금되는 시차를 어느 과세기간에 넣을지는 조제용역 완료일 기준으로 맞춰야 합니다.

약국 매입세액에서 자주 묻는 질문

약국 매입세액 자가진단 체크리스트

• 도매상 세금계산서 부가세를 조제·판매 구분 없이 전액 공제하고 있지 않다
• 처방 조제 전용 품목은 안분이 아니라 전액 불공제로 처리하고 있다
• 겸용 품목만 공통매입세액으로 잡아 면세 비율로 안분하고 있다
• 판매용 재고를 조제에 쓴 이동분을 월별로 기록하고 간주공급을 반영했다
• 불공제된 매입세액을 매출원가·필요경비에 넣고 있다
• 도매상 세금계산서를 다음 달 10일 기준으로 대조하고 지연수취분을 확인했다
• 부가세 신고서 면세수입금액란에 조제 매출을 기재해 현황신고를 갈음하고 있다

매입 줄 세우기를 매달 해 주는 사무소가 필요한 이유

약국 부가세 신고의 정확도는 신고 달이 아니라 매달의 입고 코드에서 정해집니다. 저희 사무소는 약국을 포함해 다양한 업종을 기장 관리하면서(자체 실적 기준) 도매상별 세금계산서를 다음 달 10일 기준으로 대조하고, 품목을 조제용·판매용·공통으로 나눠 안분율을 월 단위로 관리하며, 용도 변경 이동분의 간주공급까지 반영한 상태로 손익·세무 리포트를 보내드립니다. 리포트에는 공제·불공제 비율, 지연수취 건, 공단 자료 대비 면세수입금액 차이가 표시되므로 약사님은 신고 전에 문제를 발견할 수 있습니다.

애매한 품목은 그때그때 물어보시면 됩니다. 이 약은 공통으로 잡아야 하는지, 반품 수정분을 어디서 빼야 하는지 같은 질문에는 1:1 대표 단톡방에서 대표세무사가 직접 답합니다. 비용은 계약 전에 투명하게 확정하고 특정 절세 효과를 보장하는 약속은 하지 않습니다. 대신 계산 근거를 전부 보여드립니다. 약국 매입세액 세무사를 찾고 계시다면 최근 두 과세기간의 매입처별 세금계산서합계표와 재고 프로그램 입고 내역을 보내주시는 것으로 시작하면 됩니다. 과거에 전액 공제로 신고한 기간이 있다면 수정신고와 경정청구 어느 쪽이 필요한지도 함께 정리해 드립니다.

본 글은 일반적인 세무 정보이며 개별 상황에 대한 세무 자문을 대체하지 않습니다. 안분 비율·가산세율·신고 기한은 개정될 수 있어 신고 시점 확인이 필요하고, 겸용 품목의 판정은 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 대화와 사례는 각색 예시이며 실적 수치는 자체 실적 기준입니다. (세무 광고)

상담 문의: 나승리 대표세무사 · 031-546-8146 · 카카오톡 dbg059 · 경기도 수원시 영통구 하동 1016-1, 2210~2211호