약국 폐업 세무사, 문을 닫는 순서는 마약류 처분과 보건소 7일과 심평원 15일이 먼저이고 잔존재화 부가세는 공제받은 것만 돌려내서 조제용 재고는 0원이며 2년 지난 조제기도 0원입니다

약국 폐업은 어느 기관에 어떤 순서로 신고하나요

약국 폐업 세무사 상담은 대개 폐업일을 정해 놓고 옵니다. 그런데 약국은 다른 가게처럼 세무서 폐업신고부터 누르면 뒤의 절차가 꼬입니다. 약사법 제22조는 약국개설자가 폐업하면 그 날부터 7일 이내에 관할 시장·군수·구청장에게 신고하도록 하고, 미신고 시 100만 원 이하 과태료를 둡니다. 마약류 관리에 관한 법률 제8조 제2항은 약사법에 따른 약국 폐업신고를 마약류소매업자의 폐업신고로 갈음하되, 신고가 수리되면 마약류 취급 허가·지정의 효력이 상실된다고 정합니다. 그래서 남은 마약류를 먼저 정리해야 합니다. 같은 법 제13조 제1항은 자격을 상실한 취급자가 보유 마약류를 허가관청의 승인을 받아 폐기하거나 마약류취급자에게 양도하도록 하고, 양도·폐기는 제11조 취급보고 대상이라 마약류통합관리시스템에 남겨야 합니다. 유효기한이 지난 것은 제12조 사고 마약류 절차로 따로 처리합니다.

국민건강보험법 제43조 제2항은 요양기관이 신고 내용이 변경되면 15일 이내에 심평원에 신고하도록 하고, 급여비용을 받을 권리는 제91조에 따라 3년 시효이며 청구로 중단됩니다. 폐업 전에 마지막 청구를 마치고 폐업일을 잡는 것이 안전한 이유입니다. 부가가치세법 제49조 제1항은 폐업하는 경우 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 확정신고하도록 하고, 폐업일은 시행령 제7조에 따라 실질적으로 폐업하는 날이며 불분명하면 폐업신고서 접수일입니다. 시행령 제13조는 등록이 필요한 사업은 주무관청에 폐업신고서를 내도 되고 상호 송부하도록 정하고 있어 보건소 신고와 세무서 신고를 한 번에 처리할 근거가 됩니다. 도매상 반품 정산과 마지막 매입은 폐업일 이후에는 사업자 지위가 없어 세금계산서·계산서를 주고받을 수 없으므로 반드시 폐업일 이전 날짜로 마무리해야 합니다.

여기에 개정 시계가 하나 붙습니다. 2025년 11월 공포된 마약류관리법 개정으로 2026년 11월 12일부터 폐업신고 시 보유 마약류의 현황과 처분계획을 제출하고, 자격 상실 뒤 폐기·양도한 마약류의 품명·수량·일련번호·상대방을 식약처장에게 보고해야 합니다. 보고 기한과 서식은 하위법령이 확정된 뒤 시점 기준으로 확인이 필요합니다. 순서표는 법정 순서가 아니라 실무에서 사고를 막는 순서이며, 관할 보건소와 심평원 안내를 병행해야 하는 영역입니다.

잔존재화 부가세는 왜 조제용 재고에 붙지 않나요

폐업 상담에서 가장 큰 오해가 남은 재고 전부에 부가세가 붙는다는 것입니다. 부가가치세법 제10조 제6항은 사업자가 폐업할 때 자기생산·취득재화 중 남아 있는 재화를 자기에게 공급하는 것으로 보지만, 같은 조 제1항은 자기생산·취득재화를 자기의 과세사업과 관련해 생산·취득한 재화로서 매입세액이 공제된 재화로 정의합니다. 즉 매입세액이 공제된 재화만 잔존재화입니다. 약사가 제공하는 조제용역은 시행령 제35조 제4호에 따라 면세이므로 조제 전용 전문의약품 재고와 조제 전용 설비는 매입세액을 공제받은 적이 없고, 폐업 때 돌려낼 세금도 없습니다. 반대로 일반의약품·건강기능식품·화장품처럼 과세 매출에 대응해 매입세액을 공제받은 재고는 시가로 과세표준에 올라갑니다.

감가상각자산은 시행령 제66조가 따로 계산합니다. 건물·구축물은 취득가액에 (1 − 5% × 경과 과세기간 수), 그 밖의 감가상각자산은 (1 − 25% × 경과 과세기간 수)를 곱하고, 기타 자산의 경과 과세기간이 4를 넘으면 4로 보아 과세표준이 0이 됩니다. 취득가액은 매입세액을 공제받은 해당 재화의 가액이며, 과세기간 개시일 뒤에 취득했거나 공급된 것으로 보는 경우 그 과세기간 개시일에 취득·공급된 것으로 봅니다. 각색 예시로 2026년 9월 30일 폐업하는 겸영 약국(조제 면세 70%·판매 과세 30%)의 자동조제기가 2년 전인 2024년 하반기에 취득한 2,000만 원짜리라면 경과 과세기간이 4라 과세표준이 0입니다. 같은 장비를 1년 6개월 전인 2025년 상반기에 샀다면 경과 3과세기간으로 잔존율 25%, 2,000만 원의 25%인 500만 원에 과세비율 30%를 곱한 150만 원이 과세표준이고 부가세는 15만 원입니다.

예시의 합계는 과세표준 650만 원, 납부세액 65만 원이고 조제기가 2년을 넘겼다면 50만 원입니다. 폐업일 다음 달 25일까지 확정신고에 넣습니다. 겸영 자산에 취득가액 전액에 과세비율을 곱할지 공제받은 비율만 반영할지는 과세관청 실무에 따라 달라질 수 있는 영역이라 여기부터는 신고 시 개별 확인이 필요합니다. 반대로 직전 과세기간 과세 매출이 95% 이상이어서 공통매입세액을 전액 공제받았다면 폐업 때도 전액이 잔존재화가 되므로, 지난 신고서의 안분 이력을 먼저 꺼내 보는 것이 순서입니다.

폐업 대신 넘기면 세금이 달라지나요

약국 폐업 세무사가 폐업일보다 먼저 묻는 것이 넘길 사람이 있느냐입니다. 부가가치세법 제10조 제9항 제2호와 시행령 제23조는 사업장별로 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 사업 양도를 재화의 공급으로 보지 않으므로 잔존재화 부가세가 생기지 않고, 미수금·미지급금·사업과 직접 관련 없는 토지·건물은 빼고 넘겨도 포괄성이 인정됩니다. 다만 약국은 양수인이 자기 명의로 개설등록을 새로 하는 구조라 재고·직원·처방 자료·임차권이 실제로 이어졌는지 사실판단이 따르고, 재고나 설비 일부만 넘기면 포괄승계가 부정되어 세금계산서를 발급해야 합니다. 제52조 제4항은 사업 양도에 해당하는지 불분명한 경우를 포함해 양수인이 대가를 지급할 때 부가세를 징수해 다음 달 25일까지 대리납부할 수 있게 하므로 경계 거래의 안전장치가 됩니다.

권리금이 오가면 소득 구분이 붙습니다. 임차 약국의 권리금은 소득세법 제21조 제1항 제7호의 영업권 양도 대가로 기타소득이며 시행령 제87조에 따라 60%가 필요경비로 의제됩니다. 약국 건물을 소유해 부동산과 함께 넘기면 제94조의 양도소득으로 갈리므로 계약서에 권리금과 부동산 대가를 나눠 적어야 합니다. 원천징수율과 분리과세 기준은 신고 시점 기준으로 확인이 필요합니다.

폐업 뒤에도 남는 신고와 돈은 무엇인가요

폐업일에 사업자 지위는 끝나지만 소득세 시계는 이듬해까지 갑니다. 소득세법 제78조 제1항은 폐업한 사업자도 다음 연도 2월 10일까지 사업장현황신고를 하도록 명시하고, 제81조의3과 시행령 제147조의2는 의료업·수의업과 함께 약국을 미신고·과소신고 수입금액의 0.5% 가산세 대상으로 두며 산출세액이 없어도 부과합니다. 겸영 약국이 부가세 확정신고서에 면세 수입금액을 함께 신고하면 그 면세 부분의 현황신고를 한 것으로 보지만, 약국은 수입금액명세 첨부 업종이라 실무 관행이 다를 수 있어 관할 확인이 필요합니다. 폐업연도 소득은 다음 해 5월 종합소득세로 신고하고, 폐업 뒤 입금되는 미수 요양급여는 시행령 제48조 제8호에 따라 용역 제공 완료일과 지급약정일 중 빠른 날이 수입시기이므로 폐업연도 소득으로 보는 것이 원칙입니다.

노란우산공제를 폐업 사유로 받는 폐업공제금은 조세특례제한법 제86조의3 제3항에 따라 퇴직소득으로 과세되고, 폐업 전에 임의로 해지하면 기타소득이 되므로 해지 시점을 폐업 뒤로 두는 것이 보통 유리합니다. 직원 퇴직금과 4대보험 사업장 탈퇴는 노무 전문가 상담을 병행해야 하는 영역이고, 카드 단말기와 현금영수증 가맹 해지는 폐업일 뒤 실무 안내에 따라 정리합니다. 폐업의 끝은 세무서 신고가 아니라 이듬해 5월입니다.

자주 묻는 질문

약국 폐업 준비 자가진단 7문항

세 개 이상 비어 있으면 폐업일을 정하기 전에 일정표부터 만들어야 합니다.

• 남은 마약류의 승인 양도·폐기 일정을 폐업일 전에 잡았다
• 도매상 반품 정산과 마지막 매입 세금계산서를 폐업일 이전 날짜로 마무리했다
• 심평원 현황 변경신고 15일, 보건소 폐업신고 7일 기한을 달력에 넣었다
• 재고를 조제용·판매용·공통으로 나눠 매입세액 공제 이력과 함께 실사했다
• 자동조제기·인테리어의 취득 과세기간을 확인해 잔존율을 계산했다
• 이듬해 2월 10일 사업장현황신고와 5월 종합소득세 일정을 알고 있다
• 권리금·폐업공제금의 소득 구분과 원천징수를 확인했다

약국 폐업, 왜 순서를 아는 사무소에 맡겨야 하나요

약국 폐업은 신고서가 아니라 달력의 문제입니다. 마약류 양도 승인, 반품 정산, 심평원 15일, 보건소 7일, 부가세 다음 달 25일, 이듬해 2월 10일과 5월까지 여섯 개의 시계가 서로 물려 있고, 세무서를 먼저 닫으면 세금계산서가 끊겨 앞의 정산이 막힙니다. 저희 사무소는 약국을 포함해 300개가 넘는 업체를 기장 관리하며(자체 실적 기준) 개국만큼 폐업의 세무를 다뤄 왔고, 폐업 의뢰가 오면 자산 목록과 공제 이력으로 잔존재화를 면세 전용·과세 전용·공통으로 나눠 먼저 계산한 뒤 기관별 일정표를 한 장으로 만듭니다. 매달 보내드리는 손익·세무 리포트에 안분 비율이 쌓여 있어 폐업 계산이 하루면 끝납니다.

조제기를 팔지 남길지, 후배에게 넘길지 닫을지 같은 질문은 1:1 대표 단톡방에서 나승리 대표세무사가 직접 답합니다. 비용은 계약 전에 투명하게 확정하고 결과를 보장하는 약속은 하지 않는 대신 계산 근거를 전부 보여드립니다. 약국 폐업 세무사를 찾고 계시다면 자산 목록, 재고 실사표, 최근 부가세 신고서를 보내 주시는 것으로 시작하면 됩니다. 폐업일은 그 다음에 정해도 늦지 않습니다.

나승리 대표세무사 · 031-546-8146 · 카카오톡 dbg059 · 경기도 수원시 영통구 하동 1016-1, 2210~2211호

본 글은 일반적인 세무 정보이며 개별 상황에 대한 세무 자문을 대체하지 않습니다. 신고 기한·산식은 개정과 사안에 따라 달라질 수 있어 시점 기준 확인이 필요하며, 마약류·요양기관 절차는 관할 기관 안내를, 퇴직금 등 노동 문제는 노무 전문가 상담을 병행하시기 바랍니다. 본문의 대화·사례는 각색 예시이고 실적 수치는 자체 실적 기준입니다. 상담 결과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)