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종합소득세

약국 중간예납 세무사, 11월 고지서는 작년 세금의 절반이지 올해 실적이 아닙니다

위너세무회계 · 2026년 9월 13일 · 조회 6
약국 중간예납 세무사 대표 이미지 — 11월 고지서는 작년 세금의 절반이지 올해 실적이 아닙니다 중간예납 고지 대상과 제외 대상 — 신규 개국·휴폐업·50만 원 미만 중간예납기준액은 어떻게 계산되나 — 작년 확정신고 납부세액이 기준 상반기 실적이 30% 미만이면 추계액 신고, 1천만 원 넘으면 분납 약국 중간예납 세무사 상담 대화 각색 예시 — 옆 병원이 이전한 약국의 11월 약국 중간예납 자주 묻는 질문 — 양수도 개국, 지방소득세, 미납, 성실신고 약국 중간예납 자가진단 체크리스트와 상담 안내

종합소득세는 5월에 끝나는 세금이 아닙니다. 소득세법 제65조는 매년 1월 1일부터 6월 30일까지를 중간예납기간으로 정하고, 직전 연도 세액의 2분의 1을 11월 30일까지 미리 걷습니다. 약국처럼 6월에 성실신고 납부액이 큰 업종일수록 다섯 달 뒤에 오는 이 고지서가 무겁게 느껴집니다. 약국 중간예납 세무사로서 11월마다 받는 질문은 결국 하나로 모입니다. 올해 처방이 줄었는데 왜 작년 기준으로 내야 하느냐는 것입니다. 답은 고지서가 올해 실적을 모른다는 데 있고, 그래서 고지대로 낼지 다시 계산할지를 정하는 일이 11월의 세무입니다.

약국 중간예납, 누가 고지를 받고 누가 제외되나요

중간예납 고지서는 납세지 관할 세무서장이 11월 1일부터 15일 사이에 발급합니다. 납세자가 계산해서 신고하는 세금이 아니라 세무서가 직전 연도 자료로 결정해 보내는 세금이라, 먼저 대상인지부터 확인해야 합니다. 사업소득이 있는 약국 개설 약사는 원칙적으로 대상입니다. 조제 매출은 부가가치세 면세, 일반의약품과 건강기능식품 매출은 과세로 나뉘지만 종합소득세에서는 하나의 사업소득이므로 중간예납 고지도 한 장으로 옵니다.

제외되는 경우는 법에 열거돼 있습니다. 소득세법 제65조 제1항은 과세기간 개시일 현재 사업자가 아닌 사람으로서 그해에 신규로 사업을 시작한 사람을 제외합니다. 1월 1일 현재 다른 사업자등록이 없던 약사가 3월에 개국했다면 첫해 11월 고지는 없습니다. 시행령 제123조가 정한 소득, 즉 이자·배당·근로·연금·기타소득만 있는 사람도 대상이 아니므로 봉직 약사로 근로소득만 있는 해에는 중간예납이 없고, 개국 후 사업소득이 생긴 해의 다음 해부터 고지가 시작됩니다. 그리고 소득세법 제86조 제4호에 따라 중간예납세액이 50만 원 미만이면 징수하지 않으며, 중간예납기간 종료일 이전에 휴업·폐업한 경우도 고지에서 빠집니다.

여기부터는 개별 판단입니다. 기존 약국을 양수도로 인수해 개국한 경우 '신규로 사업을 시작한 자'에 해당하는지는 1월 1일 현재 본인 명의의 다른 사업자등록이 있었는지에 따라 갈립니다. 인수 개국 첫해의 11월은 고지가 올지 안 올지를 미리 확인해 두어야 자금 계획이 어긋나지 않습니다.

11월 고지 금액은 어떻게 계산되나요 — 중간예납기준액

고지서의 숫자는 올해 상반기 매출과 무관합니다. 소득세법 제65조 제7항이 정한 중간예납기준액의 2분의 1입니다. 기준액은 직전 연도의 중간예납세액, 확정신고 납부세액, 결정·경정에 따른 추가 납부세액(가산세 포함), 기한후신고나 수정신고로 추가 자진납부한 세액(가산세 포함)을 더한 금액에서 직전 연도 환급세액(경정청구 결정분 포함)을 뺀 것입니다. 쉽게 말해 작년에 소득세로 실제 낸 돈을 모아 절반으로 나눈 숫자입니다.

기준액에 더하는 것기준액에서 빼는 것
직전 연도 중간예납세액(작년 11월에 낸 금액)직전 연도 환급세액(경정청구 결정분 포함)
직전 연도 확정신고 납부세액(5월 또는 성실신고 6월 납부분)
결정·경정으로 추가 납부한 세액(가산세 포함)
기한후신고·수정신고로 추가 자진납부한 세액(가산세 포함)

약국에서 자주 나오는 오해가 공단 원천징수입니다. 요양급여비용에서 공단이 떼는 원천징수세액은 5월 확정신고에서 기납부세액으로 차감돼 '확정신고 납부세액'을 이미 줄여 놓았습니다. 그래서 기준액에도 그만큼 반영된 상태이고, 11월 고지서에서 다시 빼 달라고 할 수는 없습니다. 예를 들어 작년 11월 중간예납 1,200만 원, 올해 6월 성실신고 납부 1,400만 원이었다면 기준액은 2,600만 원이고 11월 고지세액은 1,300만 원입니다(단순 가정, 각색 예시). 이 금액은 내년 확정신고에서 기납부세액으로 다시 빠지므로, 중간예납은 세금을 더 내는 것이 아니라 미리 내는 것입니다.

여기부터는 개별 판단입니다. 작년에 경정청구로 환급을 받았거나 세무조사로 추가 납부가 있었다면 기준액이 예상과 다르게 움직입니다. 고지서 금액이 계산과 다르면 기준액 구성 항목부터 대조해야 합니다.

상반기가 나빴다면 다시 계산하고, 금액이 크면 나눠 낼 수 있나요

고지 금액이 올해 형편과 동떨어질 때 쓸 수 있는 장치가 두 가지 있습니다. 첫째는 추계액 신고입니다. 소득세법 제65조 제3항은 중간예납기간 종료일까지의 종합소득금액에 대한 소득세액, 즉 중간예납추계액이 기준액의 100분의 30에 미달하면 11월 1일부터 30일까지 추계액을 중간예납세액으로 신고할 수 있게 합니다. 신고하면 세무서의 고지 결정은 없었던 것으로 봅니다. 옆 병원이 이전해 처방이 급감한 약국, 약사 본인의 건강 문제로 상반기 영업을 줄인 약국이 실제로 쓰는 장치입니다.

추계액 산식은 제65조 제8항에 있습니다. 상반기 종합소득금액에 2를 곱해 연으로 환산한 뒤 이월결손금과 종합소득공제를 빼 과세표준을 만들고, 기본세율을 적용한 산출세액을 2로 나눈 다음, 중간예납기간 종료일까지의 감면세액·세액공제·수시부과세액·원천징수세액을 차감합니다. 공단이 상반기에 뗀 3%가 여기서 빠지는 것입니다. 주의할 점은 문턱이 '30% 미만'이라는 것입니다. 29%면 신고할 수 있고 30%면 고지대로 내야 하므로, 상반기 장부가 6월 말에 마감돼 있어야 11월 안에 이 판단을 할 수 있습니다.

둘째는 분납입니다. 소득세법 제77조와 시행령 제140조에 따라 중간예납세액이 1천만 원을 초과하면 납부기한이 지난 후 2개월 이내에 나눠 낼 수 있습니다. 2천만 원 이하면 1천만 원을 초과하는 금액을, 2천만 원을 초과하면 세액의 50% 이하를 분납할 수 있습니다. 위 예시의 1,300만 원이라면 11월 30일에 1,000만 원, 이듬해 1월 말까지 300만 원이 되는 구조입니다.

장치요건기한·방법
추계액 신고상반기 실적으로 계산한 추계액이 기준액의 30% 미만11월 1일~30일 신고·납부, 신고하면 고지는 없던 것으로 봄
의무 추계 신고기준액이 없는 복식부기의무자가 상반기 사업소득이 있는 경우11월 1일~30일 신고 의무(무신고 시 세무서가 결정 가능)
분납중간예납세액이 1천만 원 초과2천만 원 이하는 1천만 원 초과분, 초과는 50% 이하를 납부기한 후 2개월 이내

표의 둘째 줄은 약국에 특히 해당됩니다. 도·소매업 기준으로 수입금액이 큰 약국은 대부분 복식부기의무자인데, 제65조 제5항은 기준액이 없는 복식부기의무자가 상반기에 사업소득이 있으면 추계액을 신고하여야 한다고 정합니다. 작년 하반기에 개국해 작년 확정신고 세액이 없었던 약국이 여기 해당합니다. 고지서가 오지 않는다고 끝이 아니라 스스로 계산해 신고할 의무가 있고, 신고하지 않으면 세무서가 상반기 소득금액을 조사해 결정할 수 있습니다.

여기부터는 개별 판단입니다. 분납 가능한 세액을 11월 30일까지 내지 않으면 그 부분은 고지가 없던 것으로 보고 다음 해 1월에 다시 고지되지만, 분납이 아닌 부분을 미납하면 납부지연가산세가 붙습니다. 어느 금액까지가 분납 대상인지 고지서에서 먼저 확인하고 납부해야 합니다.

약국 중간예납 세무사 상담 대화로 보는 11월 (각색 예시)

약사님 — 11월에 1,300만 원 고지서가 온다고요. 올해 3월에 옆 내과가 이전해서 처방이 반토막인데 작년 기준으로 내라는 게 맞나요.

세무사 — 고지서는 작년 세액의 절반을 기계적으로 계산한 것이라 올해 사정을 모릅니다. 대신 1~6월 실적으로 다시 계산한 추계액이 기준액의 30% 미만이면 그 금액으로 신고하고 낼 수 있습니다.

약사님 — 저희가 그 조건이 될까요.

세무사 — 상반기 결산을 마감해 보니 추계액이 약 300만 원으로, 기준액 2,600만 원의 30%인 780만 원에 한참 못 미칩니다. 추계액 신고 대상입니다. 11월 30일까지 신고하면 고지는 없던 것으로 됩니다.

약사님 — 그럼 300만 원만 내면 끝인가요.

세무사 — 11월에는 300만 원입니다. 다만 내년 확정신고에서 올해 전체 소득으로 다시 계산하고 11월에 낸 300만 원은 기납부세액으로 빠집니다. 미리 내는 금액을 줄이는 것이지 세금이 사라지는 것은 아닙니다.

약사님 — 공단에서 떼 가는 3%는요.

세무사 — 추계액을 계산할 때 상반기 원천징수세액은 차감합니다. 정산서에 찍힌 상반기 원천징수 합계를 보내 주시면 그 금액까지 반영해 신고서를 만들겠습니다.

※ 실제 상담을 바탕으로 각색한 예시이며, 금액은 단순 가정입니다. 개별 결과를 보장하지 않습니다.

약국 중간예납, 자주 묻는 질문

Q1. 지방소득세도 같이 고지되나요
중간예납은 국세인 소득세에 대한 제도입니다. 개인지방소득세는 중간예납 고지가 없고 다음 해 5월 확정신고 때 소득세와 함께 정산합니다. 11월 고지서 금액에 10%를 더해 준비할 필요는 없습니다.
Q2. 고지서를 못 받았는데 안 내면 어떻게 되나요
고지서는 11월 1일~15일 사이에 주소지로 발송되고 홈택스에서도 확인됩니다. 납부기한을 넘기면 납부지연가산세가 붙으므로, 11월 중순까지 고지서가 없으면 홈택스 고지내역을 먼저 조회해야 합니다.
Q3. 추계액 신고를 했는데 나중에 실제 소득이 더 많으면 불이익이 있나요
추계액 신고는 상반기 실적을 기준으로 한 예납이므로 하반기에 실적이 회복돼도 별도 추징은 없습니다. 다만 신고 내용에 탈루·오류가 있으면 세무서장이 중간예납세액을 경정할 수 있고, 최종 세액은 어차피 다음 해 확정신고에서 정산됩니다.
Q4. 성실신고확인 대상 약국은 뭐가 다른가요
성실신고 약국은 확정신고 납부가 6월이라 기준액에 들어가는 확정신고 납부세액이 6월 납부분입니다. 계산 구조는 같지만 6월 납부와 11월 중간예납 사이가 다섯 달뿐이라 자금 계획을 더 촘촘히 잡아야 합니다.

11월 고지서 앞에서 확인할 것 — 자가진단

  • 작년 11월 중간예납액과 올해 5·6월 확정신고 납부액을 더해 기준액을 미리 계산해 봤다
  • 올해 신규 개국·양수도 개국·휴폐업 여부에 따라 고지 대상인지 확인했다
  • 상반기(1~6월) 장부가 마감돼 있어 추계액을 11월 안에 계산할 수 있다
  • 추계액이 기준액의 30% 미만인지, 아니면 고지대로 낼지 판단 근거가 있다
  • 고지세액이 1천만 원을 넘으면 분납 가능 금액과 2개월 기한을 알고 있다
  • 11월 중간예납액이 내년 확정신고에서 기납부세액으로 차감된다는 점을 알고 있다
  • 11월 30일 납부 자금이 6월 성실신고 납부와 별도로 준비돼 있다

두 개 이상 '아니오'가 나오면 11월 전에 상담이 필요합니다.

왜 11월 고지서를 세무사와 함께 보는가

고지서는 기계적으로 오지만, 고지대로 낼지 다시 계산할지는 상반기 장부가 있어야 정할 수 있습니다. 저희 사무소는 매달 손익·세무 리포트를 쌓아 상반기 결산이 6월에 끝나 있게 합니다. 그래야 11월에 추계액 신고가 선택지로 남고, 기준액의 30% 선과 상반기 추계액을 숫자로 비교해 신고 여부와 분납 구조를 바로 정할 수 있습니다. 고지서가 오면 1:1 대표 단톡방에 사진 한 장을 올려 주시면 대상 여부, 분납 가능액, 납부 일정을 답해 드립니다.

조제 면세와 판매 과세, 공단 원천징수가 섞인 약국의 소득 구조는 여러 업종을 관리해 온 경험 위에서 봅니다. 비용은 계약 전에 투명하게 확정하고, 특정 절세 효과를 약속하지 않습니다. 약국 중간예납 세무사가 하는 일은 고지서를 줄이는 것이 아니라 올해 약국의 형편을 숫자로 만들어 고지서와 나란히 놓는 일입니다. 11월 고지서는 작년 숫자이고, 올해를 반영하는 것은 상반기 장부뿐입니다. 약국 중간예납 세무사 상담은 작년 신고서와 올해 상반기 매출 자료가 있으면 시작할 수 있습니다.

본 글은 일반적인 세무 정보이며 개별 상황에 대한 세무 자문을 대체하지 않습니다. 중간예납 대상·기준액 산식·소액부징수 기준·분납 요건은 개정될 수 있어 신고 시점 기준 확인이 필요합니다. 본문의 금액·대화는 단순 가정의 각색 예시이며 특정 결과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)

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