노인요양원 세무사, 시설급여 기관은 감면 조문부터 재가와 다릅니다

노인요양원은 세법에서 어떤 사업자로 분류되나요

노인요양원을 운영하시는 분들과 상담을 시작하면 대부분 같은 자리에서 막힙니다. 장기요양기관인 것은 분명한데, 세법에서 어느 줄에 적혀 있는 기관인지가 헷갈린다는 것입니다. 이 구분이 감면 여부와 감면율을 바꾸기 때문에 처음에 정확히 잡아 두어야 합니다.

노인복지법 제34조 제1항은 노인의료복지시설을 노인요양시설과 노인요양공동생활가정으로 나눕니다. 노인요양시설은 치매·중풍 등 노인성질환으로 심신에 상당한 장애가 발생해 도움이 필요한 노인을 입소시켜 급식·요양과 그 밖에 일상생활에 필요한 편의를 제공하는 시설입니다. 국가나 지방자치단체 외의 자가 이런 시설을 설치하려면 같은 법 제35조 제2항에 따라 시장·군수·구청장에게 신고해야 하고, 시장·군수·구청장은 법에 적합하면 신고를 수리해야 합니다. 여기에 더해 장기요양급여를 제공하려면 노인장기요양보험법에 따른 장기요양기관 지정을 받아야 합니다.

세무상으로는 면세사업자가 됩니다. 부가가치세법 시행령 제35조 제14호는 노인장기요양보험법 제2조 제4호에 따른 장기요양기관이 같은 법에 따라 장기요양인정을 받은 자에게 제공하는 신체활동·가사활동의 지원 또는 간병 등의 용역을 면세하는 의료보건 용역으로 정하고 있습니다. 조문의 주어와 대상을 함께 읽어야 하는 이유가 여기 있습니다. 면세되는 것은 기관이라는 신분 자체가 아니라, 장기요양인정을 받은 사람에게 제공하는 그 용역입니다.

재가급여 기관과 시설급여 기관은 감면 조문이 다른가요

이 글에서 가장 중요한 부분입니다. 조세특례제한법 제7조 제1항 제1호는 중소기업 특별세액감면을 받을 수 있는 업종을 목으로 나누어 길게 열거하고 있는데, 장기요양과 관련된 줄이 두 개 있습니다.

하나는 소목으로, "노인장기요양보험법 제31조에 따른 장기요양기관 중 재가급여를 제공하는 장기요양기관을 운영하는 사업"입니다. 방문요양이나 주야간보호처럼 재가급여를 제공하는 기관이 여기에 들어갑니다. 이 줄만 보면 시설급여를 제공하는 요양원은 감면 대상이 아닌 것처럼 읽힙니다. 실제로 그렇게 알고 감면을 신청하지 않은 채 몇 해를 보낸 시설도 있습니다.

그런데 같은 목록에 노목이 따로 있습니다. "노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업"입니다. 노인복지법 제31조는 노인복지시설의 종류를 노인주거복지시설, 노인의료복지시설, 노인여가복지시설, 재가노인복지시설 등으로 정하고 있고, 노인요양시설은 제34조의 노인의료복지시설에 해당합니다. 즉 시설급여를 제공하는 요양원은 재가급여 줄이 아니라 노인복지시설 줄로 감면 업종에 들어간다는 뜻입니다. 여기에 코목의 사회복지 서비스업까지 있어, 업종 분류에 따라 함께 검토할 수 있습니다.

감면 비율은 같은 항 제2호에 있습니다. 소기업이 수도권에서 도매업등을 제외한 감면 업종을 경영하는 사업장은 100분의 20, 수도권 밖이면 100분의 30입니다. 소기업을 제외한 중기업이 수도권 밖에서 경영하면 100분의 15입니다. 감면 한도는 제3호에 있는데, 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 감소한 경우에는 1억원에서 감소한 상시근로자 1명당 500만원씩을 뺀 금액이고, 그 밖의 경우에는 1억원입니다. 적용 기한은 2028년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지입니다.

구분	근거 조문	내용
재가급여 기관	조특법 제7조 제1항 제1호 소목	재가급여를 제공하는 장기요양기관을 운영하는 사업
시설급여 기관(요양원)	조특법 제7조 제1항 제1호 노목	노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업
감면 비율	같은 항 제2호 나목·다목·바목	소기업 수도권 20%, 수도권 밖 30%, 중기업 수도권 밖 15%
감면 한도	같은 항 제3호	1억원. 상시근로자 감소 시 1명당 500만원씩 차감
창업중소기업 세액감면	조특법 제6조 제3항 제17호	노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업

창업 초기 시설이라면 조세특례제한법 제6조도 함께 봐야 합니다. 제6조 제3항 제17호는 창업중소기업 세액감면을 받을 수 있는 업종으로 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업을 열거하고 있습니다. 다만 감면율은 창업 시기와 지역, 청년 여부에 따라 크게 갈립니다. 2026년 1월 1일 이후 창업이라면 수도권 밖 또는 수도권의 인구감소지역은 100분의 100, 수도권 중 과밀억제권역과 인구감소지역을 제외한 지역은 100분의 75, 수도권과밀억제권역은 100분의 50입니다. 수원처럼 과밀억제권역에 해당하는지에 따라 결과가 달라지므로 지역 확인이 먼저입니다.

두 감면은 중복 적용되지 않습니다. 유리한 쪽을 골라야 하고, 그 계산에는 창업 시기와 지역, 상시근로자 수, 예상 소득이 모두 들어갑니다. 여기에 하나 더 있습니다. 복식부기의무자가 추계로 신고하면 감면이 배제될 수 있습니다. 장부를 제대로 갖추는 일 자체가 감면의 전제가 되는 셈입니다.

공단 급여비용과 본인부담금, 비급여는 어떻게 구분하나요

요양원의 수입은 크게 셋으로 나뉩니다. 공단이 지급하는 장기요양급여비용, 수급자가 부담하는 본인부담금, 그리고 급여 범위 밖의 비급여입니다.

노인장기요양보험법 제40조 제1항은 장기요양급여를 받는 사람이 비용의 일부를 본인이 부담하도록 하고, 장기요양등급과 급여의 종류·수준에 따라 부담 수준을 달리 정할 수 있게 하고 있습니다. 같은 조 제2항은 의료급여법 제3조 제1항 제1호에 따른 수급자는 본인부담금을 부담하지 않는다고 정하고, 제4항은 일정한 수급권자와 소득·재산 기준 이하인 사람 등에 대해 본인부담금의 100분의 60 범위에서 차등 감경할 수 있도록 합니다. 구체적인 부담 비율과 감경률은 대통령령과 보건복지부 고시로 정해지고 개정이 잦으므로 신고 시점 기준으로 확인해야 합니다.

같은 조 제3항은 전액 본인부담이 되는 세 가지를 정하고 있습니다. 급여의 범위와 대상에 포함되지 않는 장기요양급여, 장기요양인정서에 기재된 급여의 종류·내용과 다르게 선택해 받은 경우의 그 차액, 그리고 월 한도액을 초과하는 장기요양급여입니다. 실무에서 말하는 비급여가 여기에 붙습니다.

비급여로 받는 금액의 부가가치세 취급은 항목마다 갈립니다. 앞서 본 것처럼 면세 조문은 장기요양기관이 장기요양인정을 받은 자에게 제공하는 신체활동·가사활동의 지원 또는 간병 등의 용역을 대상으로 하므로, 그 범위 안에 있는지로 판단해야 합니다. 범위 밖의 별도 재화나 용역이라면 그대로 면세가 된다고 단정할 수 없습니다. 이 부분은 계약과 청구 내역을 놓고 개별로 확인해야 하는 영역이라 이 글에서는 결론을 내리지 않겠습니다.

장부 실무에서 더 자주 문제가 되는 것은 시점입니다. 공단 급여비용은 청구한 달과 입금된 달이 어긋납니다. 통장 입금 기준으로만 장부를 만들면 연말에 한 달치 매출이 밀리거나 겹칩니다. 삭감이나 환수가 있으면 그 조정까지 반영해야 사업장현황신고와 종합소득세 신고가 서로 맞습니다.

재무·회계 규칙 장부와 세법 장부는 같은 것인가요

장기요양기관은 보건복지부령인 장기요양기관 재무·회계 규칙에 따라 회계를 운영합니다. 그런데 이 회계는 기관 운영의 투명성을 확보하기 위한 것이고, 소득세를 계산하는 장부는 소득세법이 따로 요구합니다. 두 장부가 같은 숫자를 말하지 않으면 신고할 때마다 맞추는 작업이 생깁니다.

가장 큰 비중은 인건비입니다. 요양보호사와 간호인력, 조리원과 사무직까지 인원이 많아 원천세와 지급명세서 관리가 곧 장부의 절반을 차지합니다. 신고하지 않은 인건비는 필요경비로 인정받기 어렵다는 원칙은 이 업종에서 특히 크게 작용합니다. 사업소득으로 지급하는 부분이 있다면 간이지급명세서를 지급월의 다음 달 말일까지 제출해야 하고, 제출하지 않으면 가산세가 따로 붙습니다.

시설 투자도 구분이 필요합니다. 거래 단위별 100만원 이하 자산은 즉시 비용으로 처리할 수 있고, 그 밖에는 감가상각 대상입니다. 증축이나 승강기 설치 같은 자본적 지출과 도배·도색 같은 수익적 지출은 처리가 다릅니다. 건당 3만원을 넘는 지출은 세금계산서·계산서·신용카드매출전표·현금영수증 같은 적격증빙을 받아야 하고, 받지 못하면 증빙불비가산세 2%가 붙습니다.

인건비 지출 비율이나 시설 운영 기준은 보건복지부 고시와 규칙으로 정해지고 개정이 잦으므로 이 글에서는 구체적인 비율을 적지 않습니다. 다만 그 기준을 맞추기 위한 회계 처리와 세무상 필요경비 처리가 항상 같지는 않다는 점만 기억해 두시면 됩니다. 시설장을 겸하는 대표자에게 지급하는 보수, 법인과 개인 중 어떤 형태로 운영할지는 운영 주체에 따라 결론이 완전히 달라지는 영역입니다.

면세사업자라서 놓치기 쉬운 의무는 무엇인가요

부가가치세 신고를 하지 않다 보면 남아 있는 다른 의무가 눈에 잘 띄지 않습니다. 첫째는 사업장현황신고입니다. 면세사업자는 다음 해 2월 10일까지 사업장현황신고를 해야 하고, 여기서 신고한 수입금액이 5월 종합소득세 신고의 출발점이 됩니다. 공단 청구 자료와 어긋난 상태로 신고하면 이후 신고가 계속 흔들립니다. 계산서 발급과 매입처별 세금계산서합계표 제출도 함께 갑니다.

둘째는 성실신고확인입니다. 소득세법 시행령 제133조 제1항 제3호는 보건업 및 사회복지 서비스업의 성실신고확인 기준을 수입금액 5억원으로 정하고 있습니다. 정원과 등급 구성에 따라 이 선을 넘는 요양원이 적지 않습니다. 넘는 해에는 신고 기한과 제출 서류가 달라지므로 미리 준비해야 합니다.

셋째는 현금영수증입니다. 소득세법 시행령 별표 3의3의 현금영수증 의무발행업종 목록에는 사업서비스업, 보건업, 숙박 및 음식점업, 교육 서비스업과 그 밖의 업종이 열거돼 있는데, 사회복지 서비스업이나 노인요양시설은 여기에 이름이 없습니다. 다만 현금영수증가맹점 가입 의무나 요청 시 발급 의무는 별개의 문제이므로 대상 여부를 확인해 두는 편이 안전합니다.

마지막으로 경정청구가 있습니다. 감면을 적용할 수 있었는데 하지 않고 신고한 해가 있다면, 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에는 경정청구를 검토할 수 있습니다. 재가와 시설의 조문 차이를 몰라 감면을 놓친 사례가 실제로 있습니다. 다만 경정청구의 실익은 과거 연도의 소득 규모와 요건 충족 여부를 함께 확인해야 판단할 수 있습니다.

그래서 요양원 기장은 무엇이 달라야 하나요

요양원의 세금은 5월에 결정되지 않습니다. 개원 시점의 감면 선택, 매달의 인건비 신고, 공단 청구와 입금의 시차, 정원 변동에 따른 성실신고 기준선까지 연중에 쌓이는 판단이 결과를 만듭니다. 특히 감면 한도가 상시근로자 수와 연동돼 있다는 점은 인력 이동이 잦은 이 업종에서 매우 크게 작용합니다.

저희 사무소는 계약 전에 기장료와 신고 수수료의 범위를 문서로 확정합니다. 원천세와 지급명세서, 사업장현황신고, 감면 신청서 작성까지 어디까지가 포함인지 먼저 정하고 시작합니다. 그리고 대표세무사가 들어와 있는 1:1 단톡방에서 질문을 받습니다. 비급여 항목을 새로 만들거나 인력 구성을 바꿀 때는 결정하기 전에 물어야 답이 되는 질문이기 때문입니다.

약국과 병의원처럼 면세와 과세가 섞이는 보건·복지 분야의 장부를 함께 다뤄 온 경험이 요양원의 급여·비급여 구분과 겸영 판단에서 그대로 쓰입니다. 매달 보내 드리는 손익·세무 리포트에는 월별 수입과 인건비, 상시근로자 수, 예상 세액을 함께 넣습니다. 감면 한도에서 인원 감소가 얼마를 깎는지를 연말이 아니라 분기마다 볼 수 있게 하는 것이 그 리포트의 목적입니다. 대표세무사가 직접 검토하고, 인력 운영과 근로계약에 관한 부분은 노무 전문가 상담을 함께 받으시도록 안내드립니다.

노인요양원 세무 자주 묻는 질문

Q1. 재가급여 기관과 시설급여 기관은 감면에서 무엇이 다른가요?
조세특례제한법 제7조 제1항 제1호에는 재가급여를 제공하는 장기요양기관을 운영하는 사업이 별도로 열거돼 있습니다. 시설급여를 제공하는 노인요양시설은 이 줄이 아니라 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업이라는 다른 줄로 검토합니다. 두 유형 모두 감면 업종에 이름이 있지만 근거 조문이 다릅니다.

Q2. 요양원도 창업중소기업 세액감면을 받을 수 있나요?
조세특례제한법 제6조 제3항 제17호가 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업을 창업 업종으로 열거하고 있습니다. 다만 창업 시기와 지역에 따라 감면율이 갈리고, 제7조와는 중복 적용되지 않으므로 두 가지를 모두 계산해 유리한 쪽을 선택해야 합니다.

Q3. 비급여로 받는 금액도 면세인가요?
면세 조문은 장기요양기관이 장기요양인정을 받은 자에게 제공하는 신체활동·가사활동의 지원 또는 간병 등의 용역을 대상으로 합니다. 그 범위 밖의 별도 재화나 용역이라면 그대로 면세가 된다고 단정할 수 없고, 항목마다 결론이 달라질 수 있어 계약과 청구 내역을 놓고 확인해야 합니다.

Q4. 요양원도 성실신고확인 대상이 되나요?
소득세법 시행령 제133조 제1항 제3호는 보건업 및 사회복지 서비스업의 기준을 수입금액 5억원으로 정하고 있습니다. 정원과 등급 구성에 따라 이 선을 넘는 시설이 적지 않으므로 미리 확인해야 합니다.

Q5. 공단 급여비용은 언제 매출로 잡나요?
청구한 달과 입금된 달이 다르므로 통장 기준으로만 장부를 만들면 연말에 매출이 밀리거나 겹칩니다. 청구 내역과 입금 내역을 함께 관리하고, 삭감이나 환수가 있으면 그 조정까지 반영해야 합니다.

요양원 자가진단 일곱 가지

아래 항목 중 세 개 이상에 해당한다면 다음 신고 전에 한 번 점검하시기를 권합니다.

① 시설급여 기관이라 중소기업 특별세액감면 대상이 아니라고 알고 있었다. ② 개원할 때 창업중소기업 세액감면과 중소기업 특별세액감면을 비교해 본 적이 없다. ③ 상시근로자 수가 줄면 감면 한도가 깎인다는 사실을 몰랐다. ④ 공단 청구액과 입금액을 대조한 자료 없이 통장 기준으로 장부를 만들고 있다. ⑤ 비급여로 받는 항목의 부가가치세 취급을 확인해 본 적이 없다. ⑥ 수입금액이 5억원에 가까워지고 있는데 성실신고확인 준비를 시작하지 않았다. ⑦ 요양보호사 인건비 중 신고되지 않은 부분이 있는지 확인되지 않는다.

상담 안내

수원 광교·영통을 중심으로 약국·병의원과 요양·복지시설의 기장을 맡고 있습니다. 나승리 대표세무사가 직접 검토합니다. 전화 031-546-8146, 카카오톡 dbg059, 경기도 수원시 영통구 하동 1016-1, 2210~2211호.

본 글은 일반적인 세무 정보이며 개별 상황에 대한 세무 자문을 대체하지 않습니다. 본문의 대화는 이해를 돕기 위한 각색 예시입니다. 감면 요건과 비율, 본인부담 기준, 보건복지부 고시 사항은 개정이 잦으므로 신고 시점 기준으로 다시 확인하시기 바랍니다. 인력 운영과 근로계약에 관한 사항은 노무 전문가 상담을 병행하시기 바랍니다.