건강기능식품 판매업 세무사, 영업신고증의 종류가 세금 지도를 먼저 그립니다

건강기능식품 판매업은 법이 먼저 네 갈래로 나눕니다

건강기능식품 판매업을 시작하는 분들이 가장 먼저 하는 질문은 사업자등록을 어떻게 내느냐입니다. 그런데 순서가 반대입니다. 건강기능식품에 관한 법률 제4조와 그 시행령 제2조가 영업의 종류를 먼저 정해 두었고, 사업자등록증의 업종은 그 분류가 정해진 다음에 따라옵니다.

영업의 세부 종류	시행령이 정한 범위
건강기능식품 전문제조업	건강기능식품을 전문적으로 제조하는 영업. 벤처기업이 전문제조업자에게 위탁해 제조하는 벤처제조업이 따로 있습니다.
일반판매업	건강기능식품을 판매하는 영업. 아래 유통전문판매업에 해당하는 것은 제외합니다.
유통전문판매업	전문제조업자에게 의뢰하여 제조한 제품을 자신의 상표로 유통·판매하는 영업. 이른바 자체 브랜드 사업이 여기 들어갑니다.
맞춤형건강기능식품판매업	맞춤형 제품(위탁하여 소분·조합한 것 포함)을 판매하는 영업. 이쪽은 시·군·구가 아니라 식품의약품안전처장에게 신고합니다.

신고 절차에도 실무에서 알아 두면 좋은 조항이 있습니다. 같은 법 제6조는 판매업을 하려는 자가 영업소별로 시설을 갖추고 소재지 관할 시장·군수·구청장에게 신고하도록 하면서, 약사법에 따라 개설등록한 약국에서 건강기능식품을 판매하는 경우는 신고 대상에서 빼 두었습니다. 그리고 신고나 변경신고를 받은 날부터 3일 이내에 수리 여부를 통지하도록 하고, 그 기간에 통지가 없으면 기간이 끝난 날의 다음 날에 수리한 것으로 봅니다. 여기부터는 개별 판단입니다. 제품을 소분하는지, 상표를 누구 이름으로 붙이는지에 따라 같은 매장이라도 영업의 종류가 달라집니다.

세무서에 낸 폐업신고가 영업신고를 지운다는 조문

인허가와 세금은 따로 논다고 생각하기 쉽지만, 건강기능식품 쪽은 조문에 연결 고리가 박혀 있습니다. 같은 법 제6조는 신고를 한 영업자가 부가가치세법에 따라 관할 세무서장에게 폐업신고를 하거나 세무서장이 사업자등록을 말소한 경우, 영업 신고사항을 직권으로 말소할 수 있다고 정합니다. 나아가 행정청이 그 직권말소를 위해 필요하면 세무서장에게 폐업 여부 정보를 요청할 수 있고, 요청을 받은 세무서장은 전자정부법에 따라 그 정보를 제공하도록 되어 있습니다.

이 조문 때문에 실제로 벌어지는 일이 있습니다. 사업장을 옮기면서 기존 사업자등록을 정리했는데 영업신고 변경을 하지 않아 영업신고가 직권말소되는 경우입니다. 신고 없이 판매를 이어 가면 그 자체가 인허가 위반이 됩니다. 폐업, 업종 변경, 사업장 이전은 세무서 신고와 관할 시·군·구 변경신고를 같은 날짜 축에 놓고 처리해야 합니다.

제재금 이야기도 함께 정리해 두겠습니다. 소득세법 제33조는 벌금과 과료, 과태료를 필요경비에 산입하지 않도록 정하고 있고, 법령에 따른 의무의 불이행이나 금지·제한 위반을 이유로 부과되는 공과금도 마찬가지로 필요경비에서 제외합니다. 표시나 광고 규정을 어겨 부과된 금액은 장부에 넣어도 세금이 줄지 않는다는 뜻입니다. 기능성 표시·광고의 사전심의 조항은 헌법재판소 결정에 따라 법에서 삭제되었고, 그만큼 사업자가 스스로 지는 책임이 커졌습니다. 여기부터는 개별 판단입니다. 표시·광고 검토는 세무와 별개이므로 해당 분야 전문가 상담을 병행하시기 바랍니다.

OEM으로 만들어 자체 브랜드로 팔면 제조업인가요

감면을 검토할 때 가장 자주 어긋나는 지점입니다. 유통전문판매업은 전문제조업자에게 의뢰해 만든 제품을 자기 상표로 파는 영업입니다. 공장도 설비도 없이 기획과 유통만 하는 구조이므로 세법에서도 제조업이 아니라 판매업으로 보는 것이 원칙입니다. 조세특례제한법이 중소기업 특별세액감면의 업종에 넣어 둔 '주문자상표부착방식에 따른 수탁생산업'은 위탁을 받아 만드는 쪽을 가리키는 것이지, 주문을 넣는 쪽을 가리키는 것이 아닙니다.

판매 방식	감면에서 벌어지는 일
온라인 전업 (자사몰·오픈마켓)	통신판매업으로 분류되면 창업중소기업 세액감면의 열거 업종에 들어갈 여지가 있습니다. 창업 시기와 사업장 소재지에 따라 감면율이 갈립니다.
매장 병행 (오프라인 판매)	일반 소매업으로 분류되면 창업감면에서는 도·소매업이 열거되어 있지 않아 닫힙니다. 대신 중소기업 특별세액감면에서 도매 및 소매업이 열려 있습니다.
도매 공급 (대리점·B2B)	도매업은 창업감면 대상이 아니며, 특별세액감면에서 소기업 10%가 기본입니다. 중기업 5%는 수도권 외 지역에 한정된다는 점을 놓치기 쉽습니다.

두 감면은 함께 받을 수 없으므로 유리한 쪽을 선택해야 합니다. 그리고 업종의 분류는 등록증에 적은 이름이 아니라 한국표준산업분류에 따른 실질로 판정됩니다. 온라인과 매장을 함께 운영하면 결론이 뒤집힐 수 있어 사업자등록 단계에서 정리해 두는 편이 안전합니다. 여기부터는 개별 판단입니다. 같은 건강기능식품 판매업이라도 매출 구성과 주업종 판정에 따라 감면 결과가 반대로 나올 수 있습니다.

건강기능식품 판매업의 부가가치세는 어디서 새나요

건강기능식품은 가공을 거친 제품이므로 부가가치세 과세가 원칙입니다. 문제는 매출이 아니라 매입에서 생깁니다. 수입 통관 때 낸 부가가치세는 수입세금계산서로 매입세액 공제가 되는데, 관세사 정산서만 챙기고 수입세금계산서를 빠뜨려 공제를 놓치는 사례가 반복됩니다. 지나간 과세기간의 누락분은 경정청구로 되짚어 볼 수 있으므로 매입 자료부터 다시 모아 보는 것이 좋습니다.

해외 소비자에게 직접 판매하는 이른바 역직구 매출은 수출에 해당해 영세율을 검토할 수 있습니다. 다만 증빙 요건이 있어 발송 자료와 대금 수령 자료를 미리 갖춰 두어야 합니다. 약국이나 의원에서 건강기능식품을 함께 취급하는 경우에는 의약품 조제 같은 면세 매출과 과세 매출이 섞이므로 공통매입세액을 안분해야 하고, 면세 쪽은 사업장현황신고가 따라옵니다.

현금영수증은 두 제도를 나눠서 봐야 합니다. 소비자를 상대하는 업종을 하면서 직전 과세기간 수입금액이 2,400만 원 이상이면 가맹점 가입 대상이 되고 해당 연도 3월 31일까지 가입해야 합니다. 이와 별개로 시행령 별표에 열거된 의무발행 업종은 건당 10만 원 이상 현금거래에 상대방이 요청하지 않아도 발급해야 하고, 인적사항을 모르면 현금을 받은 날부터 5일 이내에 무기명으로 자진발급할 수 있습니다. 전자상거래 소매업으로 등록해 온라인 판매를 한다면 이 두 제도가 모두 걸립니다.

재고 한 줄이 소득률을 바꿉니다

재고는 건강기능식품 판매업에서 소득률을 가장 크게 흔드는 항목입니다. 매출원가는 기초재고에 당기매입을 더하고 기말재고를 빼서 계산하므로, 기말재고 한 줄이 그대로 이익이 됩니다. 유통기한이 지나 폐기한 물량이나 반품되어 다시 팔 수 없는 물량은 실사표·폐기 목록·사진·처리 확인서를 갖춰 두지 않으면 손실로 인정받기 어렵습니다.

오해가 없도록 덧붙이면, 재고를 줄여 잡으라는 뜻이 아닙니다. 실제로 있는 재고를 실제대로 반영하라는 뜻이고, 없어진 물량은 없어진 사실을 증명하라는 뜻입니다. 재고자산의 평가방법은 사업을 개시한 과세기간의 과세표준 신고기한까지 신고해야 하며, 신고하지 않으면 선입선출법이 강제됩니다. 신고한 방법과 다르게 평가하거나 무단으로 방법을 바꾸면 선입선출법으로 평가한 금액과 회사가 평가한 금액 중 큰 금액을 따르게 되므로, 처음에 한 번 정리해 두는 것이 유리합니다.

상담 단톡방에서 오간 이야기 (각색 예시)

대표님 세무사님, 저희 제품 OEM으로 만들어서 저희 브랜드로 파는데요. 그럼 제조업으로 감면 되는 거죠?
나승리 세무사 그게 유통전문판매업입니다. 만드는 건 제조업체 쪽이라 제조업 감면은 어렵습니다. 대신 판매 채널이 온라인 전업이면 다른 문이 열릴 수 있어요.
대표님 저희 자사몰이랑 오픈마켓만 합니다. 매장은 없고요.
나승리 세무사 그럼 통신판매업 쪽으로 볼 여지가 있습니다. 다만 나중에 팝업스토어라도 열면 분류가 흔들려요. 등록 단계에서 정리해 두시죠.
대표님 그리고 유통기한 지난 재고를 작년에 꽤 버렸는데 그건 비용 되나요?
나승리 세무사 버린 사실을 증명할 자료가 있어야 합니다. 폐기 목록과 사진, 처리업체 확인서요. 올해부터는 폐기할 때마다 바로 남기시는 게 좋습니다.

건강기능식품 판매업 세무 Q&A

건강기능식품 판매업 사업자 자가진단

다음 일곱 문항 중 두 개 이상 해당한다면 신고서보다 영업신고증과 사업자등록증을 나란히 놓고 시작하는 편이 빠릅니다. 이 두 장이 어긋나 있으면 그 아래 계산은 전부 흔들립니다.

① 영업신고증의 종류(일반판매업·유통전문판매업·맞춤형)와 사업자등록증의 업종이 서로 맞는지 확인해 본 적이 없다. ② OEM 제품을 자체 브랜드로 팔면서 스스로를 제조업이라고 생각하고 있다. ③ 온라인과 오프라인 매출이 섞여 있는데 주업종이 무엇인지 설명하기 어렵다. ④ 수입 통관 때 낸 부가가치세의 수입세금계산서를 모두 확보해 두지 않았다. ⑤ 해외 소비자에게 직접 판매한 매출의 영세율 증빙을 갖추지 않았다. ⑥ 유통기한 경과 폐기와 반품 물량을 사진·목록·확인서로 남기지 않고 있다. ⑦ 재고자산 평가방법을 신고한 적이 없다.

인허가 문서와 장부를 같은 책상에서 봅니다

건강기능식품 판매업의 세금이 어려운 이유는 세율이 높아서가 아니라 인허가 문서와 세무 문서가 서로를 붙잡고 있기 때문입니다. 영업의 종류가 세법상 업종을 정하고, 업종이 감면과 부가가치세를 정하고, 폐업신고 한 장이 영업신고까지 지웁니다. 두 축을 따로 보는 순간 어긋납니다.

저희는 매출 규모와 판매 채널 수, 수입 여부를 보고 기장료를 먼저 제시합니다. 신고철이 되어서야 별도 비용이 붙는 방식으로 일하지 않습니다. 사업장을 옮기기 전에, 새 제품을 들이기 전에 바로 물어볼 수 있도록 1:1 대표 단톡방을 두고 담당 직원과 대표세무사가 같은 방에서 답합니다. 면세 약국의 겸영 안분부터 수입과 역직구가 섞인 유통 사업장까지 다뤄 온 관리 경험을 바탕으로 같은 실수를 미리 짚고, 채널별 매출과 재고를 반영한 손익과 다음 신고에서 낼 세금의 예상치는 매달 리포트로 보내 드립니다.

개업을 준비 중이라면 영업의 종류와 업종을 함께, 이미 운영 중이라면 지난 신고서와 재고 자료를 함께 봅니다. 대표세무사가 직접 검토합니다. 031-546-8146 · 카카오톡 dbg059 · 경기도 수원시 영통구 하동 1016-1, 2210~2211호.

본 글은 일반적인 세무 정보이며 개별 상황에 대한 세무 자문을 대체하지 않습니다. 영업신고와 표시·광고 등 인허가 사항은 관할 행정청과 해당 분야 전문가 상담을 병행하시기 바랍니다. 감면 대상 업종 판정은 실질과 표준산업분류에 따라 달라질 수 있어 결과를 보장하지 않습니다. 상담 대화는 각색 예시입니다.