부가세·면세

의료기기판매업 세무사, 장애인용 보장구를 면세로 처리하면 매입세액이 새어 나갑니다

위너세무회계 · 2026년 8월 20일 · 조회 18

의료기기를 함께 팔기 시작하면 무엇이 달라지나요

약국이나 매장에서 혈압계와 보청기, 휠체어를 함께 취급하기 시작하면 신고 구조가 한 단계 복잡해집니다. 의료기기판매업 세무사 상담에서 가장 자주 어긋나 있는 지점은 의외로 단순합니다. 장애인용 보장구를 면세로 처리해 둔 경우입니다. 세법이 정한 이름은 면세가 아니라 영세율이고, 이 한 글자 차이가 매입세액의 운명을 바꿉니다.

이 글은 취급을 시작하기 전에 확인해야 할 순서를 네 단계로 정리한 것입니다. 판매업 신고, 영세율과 면세의 구분, 겸영사업자의 공통매입세액 안분, 그리고 연 1회 신고와 감면 판단입니다.

의료기기 판매업 신고는 누가 하나요

의료기기판매업 세무사 상담이 인허가 이야기로 시작되는 이유가 여기 있습니다. 의료기기법 제17조는 의료기기 판매업이나 임대업을 하려는 자에게 영업소마다 관할 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수·구청장에게 신고하도록 정하고 있습니다. 실무 창구는 대체로 관할 보건소이며, 정부 민원 안내에도 같은 이름으로 등록되어 있습니다.

다만 신고 없이 취급할 수 있는 경우가 함께 규정되어 있습니다. 제조업자와 수입업자가 자신이 만들거나 들여온 기기를 의료기기취급자에게 판매·임대하는 경우, 약국개설자와 의약품 도매상이 의료기기를 판매·임대하는 경우, 판매업 신고를 한 자가 그 의료기기의 임대업을 하는 경우, 그리고 총리령으로 정하는 임신조절용·자가진단용 등 일부 품목을 판매하는 경우입니다. 즉 약국이 의료기기를 함께 파는 형태는 별도 판매업 신고가 면제되는 쪽에 규정되어 있습니다.

반대로 놓치기 쉬운 곳은 온라인입니다. 오프라인 매장 없이 통신판매로만 취급해도 영업 신고 대상이며, 중고 거래 플랫폼을 통한 거래도 신고한 영업자만 할 수 있다는 것이 규제 당국의 안내입니다. 영업소 건축물 용도나 품목 등급에 따른 추가 요건은 지자체마다 운영이 달라, 사전 확인이 필요합니다. 인허가는 세무와 별개의 절차이므로 인허가 전문가 상담을 병행하시고, 사업자등록 업태와 실제 신고 내용이 어긋나지 않도록 함께 맞추시기 바랍니다. 여기부터는 개별 판단입니다.

장애인용 보장구는 면세인가요, 영세율인가요

영세율입니다. 의료기기판매업 세무사가 장부를 넘겨받았을 때 가장 먼저 확인하는 항목이기도 합니다. 조세특례제한법 제105조 제1항은 장애인용 보장구와 장애인용 특수 정보통신기기, 장애인의 정보통신기기 이용에 필요한 특수 소프트웨어의 공급에 부가가치세 영세율을 적용하도록 정하고 있습니다. 대상의 구체적 범위는 같은 법 시행규칙 별표에 열거되어 있고, 보건복지부의 보조기기 품목분류 고시와 연결됩니다. 청각보조기기와 그 액세서리처럼 유권해석으로 범위가 정리된 품목도 있습니다.

면세와 영세율은 소비자가 부가가치세를 부담하지 않는다는 점에서 같아 보이지만, 파는 쪽에서는 정반대입니다.

구분	면세	영세율
매출 세액	부가가치세를 받지 않음	세율 0%로 받지 않음
매입세액	공제 불가, 원가에 묻힘	전액 공제, 환급 가능
증빙	계산서 발급	세금계산서 발급 의무
공통매입세액	안분 대상	과세공급가액이므로 안분 대상 아님
실무 결과	매입할 때 낸 부가세를 돌려받지 못함	매입할 때 낸 부가세를 돌려받음

차이가 실제로 드러나는 장면은 이렇습니다. 보장구를 100만 원어치 매입하면서 부가세를 함께 냈다고 할 때, 이 매출을 면세로 처리하면 그 부가세는 돌려받지 못하고 원가에 그대로 남습니다. 영세율로 처리하면 매출에서는 세금을 받지 않으면서 매입세액은 공제받으므로 환급 구조가 열립니다. 같은 물건을 같은 값에 팔아도 남는 돈이 달라진다는 뜻입니다.

다만 별표에 열거된 품목만 해당합니다. 이름이 비슷하다고 자동으로 적용되지 않으므로 취급 품목 목록을 놓고 하나씩 확인해야 합니다. 그동안 면세로 처리해 매입세액을 포기해 온 경우라면 사실관계를 확인해 볼 여지가 있으나, 여기부터는 개별 판단이며 결과를 보장하지 않습니다.

과세와 면세가 섞이면 매입세액은 어떻게 나누나요

약국처럼 처방 조제 용역이 면세이면서 일반의약품과 건강기능식품, 의료기기를 함께 파는 곳은 전형적인 겸영사업자입니다. 의료기기판매업 세무사 관점에서 이 구조는 매출 구분보다 매입 구분이 더 어렵습니다. 부가가치세법 제40조와 같은 법 시행령 제81조는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액을 면세공급가액 비율로 안분하도록 정하고 있습니다.

순서는 네 단계입니다. 첫째, 실지귀속부터 가릅니다. 어느 쪽에 쓰였는지 구분되는 매입세액은 안분 대상이 아니라 그대로 처리합니다. 구분되지 않는 임차료와 전기료, 매장 전체 인테리어 같은 항목만 공통매입세액이 됩니다. 둘째, 면세사업 관련 매입세액을 공통매입세액에 면세공급가액 비율을 곱해 계산하고 나머지를 공제합니다. 셋째, 예정신고 때는 그 기간의 비율로 나누고 확정신고에서 과세기간 전체 비율로 다시 정산합니다. 넷째, 면세 비중이 아주 작거나 공통매입세액이 소액인 경우에는 안분하지 않는 예외가 있습니다. 다만 이 예외에는 금액 요건이 함께 붙고 자료마다 서술이 갈리므로, 신고 시점 조문으로 확인해야 합니다.

여기서 자주 틀리는 것이 영세율 매출을 면세공급가액에 넣는 실수입니다. 영세율은 세율이 0일 뿐 과세공급가액이므로 안분 산식에서 면세 쪽에 들어가면 안 됩니다. 잘못 넣으면 공제받아야 할 매입세액이 줄어듭니다. 실무에서는 인테리어 견적을 조제실과 판매 구역으로 나눠 받아 두는 것만으로도 실지귀속으로 처리할 수 있는 범위가 넓어집니다. 여기부터는 개별 판단입니다. 매장 구조와 매출 구성에 따라 안분 대상 항목이 달라집니다.

2월 사업장현황신고는 해야 하나요

소득세법 제78조의 사업장현황신고는 직전 연도에 면세사업을 한 개인사업자가 다음 해 2월 10일까지 하는 신고입니다. 부가가치세 과세사업자는 부가세 신고로 수입금액이 신고되므로 대상이 아니고, 과세와 면세를 겸영하는 사업자는 부가세 신고 때 면세사업 수입금액을 함께 신고하면 사업장현황신고에 갈음할 수 있습니다.

따라서 의료기기만 취급하는 100% 과세 판매점이라면 2월 신고 대상이 아닙니다. 의료기기를 다루면 무조건 2월에 신고해야 한다고 알고 계신 경우가 있는데, 이는 면세 매출이 실제로 있는 약국이나 겸영 사업장의 이야기입니다. 소득세법 제81조의3은 의료업·수의업·약사업 등에 대해 사업장현황신고를 하지 않거나 적게 신고한 수입금액에 가산세를 두고 있으므로, 본인이 어느 쪽에 해당하는지부터 정리해야 합니다.

감면은 어느 조문으로 받나요

조세특례제한법 제6조 창업중소기업 세액감면의 대상 업종 열거에는 도매 및 소매업이 없습니다. 매장을 두고 파는 의료기기 판매점은 도·소매업으로 분류되므로 제6조 대상이 아닙니다. 반면 제7조 중소기업특별세액감면은 도매 및 소매업을 대상 업종에 포함하고 있어, 소기업 10%, 중기업은 수도권 밖 5% 방향으로 감면을 검토하게 됩니다.

구분	조특법 제6조 창업중소기업 감면	조특법 제7조 중소기업특별세액감면
도·소매업	대상 아님	대상
감면 방향	창업 후 일정 기간 산출세액 감면	소기업 10%, 중기업은 수도권 밖 5% 방향
온라인 전용	통신판매업 형태면 검토 여지, 매장 병행 시 제외	도소매로 분류되면 계속 적용 가능
중복 적용	두 감면은 중복되지 않으므로 유리한 쪽을 선택	유리한 쪽을 선택

점포 없이 온라인으로만 판매하는 형태는 통신판매업으로 분류될 여지가 있어 결론이 달라질 수 있습니다. 다만 등록증에 적힌 업태가 아니라 실제 운영 형태로 판정되고, 매장을 함께 운영하면 일반 소매업으로 분류되어 제외되는 것이 원칙입니다. 감면 한도와 적용기한, 고용 규모에 따른 조정은 개정이 잦으므로 신고 시점 기준으로 확인하시기 바랍니다. 여기부터는 개별 판단이며 결과를 보장하지 않습니다.

자주 묻는 질문

그동안 보장구를 면세로 신고했는데 되돌릴 수 있나요

품목이 실제로 영세율 대상에 열거된 것인지부터 확인해야 합니다. 대상이 맞다면 잘못 처리한 매입세액을 두고 경정청구를 검토할 여지가 있지만, 매출과 매입 자료가 함께 정리되어야 하고 결과가 보장되지는 않습니다.

혈압계나 체온계도 영세율인가요

일반적인 의료기기는 원칙적으로 과세입니다. 영세율은 별표에 열거된 장애인용품에 적용되므로 품목명이 비슷하다고 자동으로 적용되지 않습니다. 취급 품목 목록을 놓고 하나씩 확인하는 것이 안전합니다.

렌탈로 빌려주면 세금계산서는 언제 끊나요

계약의 성격에 따라 다릅니다. 부가가치세법 시행령은 장기할부판매나 중간지급조건부처럼 대가를 나눠 받는 재화의 공급시기를 대가의 각 부분을 받기로 한 때로 정하고 있고, 임대 용역도 원칙적으로 같은 기준을 따릅니다. 소유권 이전을 전제로 한 판매인지 순수한 임대인지에 따라 발행 단위가 달라지므로 계약서를 놓고 판단해야 합니다.

온라인으로도 팔면 현금영수증 의무가 생기나요

의약품·의료용품 소매업이나 전자상거래 소매업처럼 소매업 상당수가 현금영수증 의무발행업종에 포함되어 있습니다. 본인 업종코드가 해당하는지 확인이 필요하며, 대상이라면 건당 10만 원 이상 현금 거래는 요청이 없어도 발급해야 하고 상대방 인적사항을 모르면 거래일부터 5일 이내에 자진발급해야 합니다. 미발급 가산세가 무겁기 때문에 취급 초기에 확인하는 편이 좋습니다.

자가진단, 두 개 이상이면 신고 구조부터 점검하세요

장애인용 보장구를 면세로 처리하고 있다
과세와 면세 매출을 결제 단계에서 구분하지 않는다
인테리어나 임차료 부가세를 안분 없이 전액 공제하거나 전액 포기했다
온라인 판매를 시작했는데 영업 신고를 확인하지 않았다
렌탈 계약이 있는데 세금계산서 발행 시점을 정해 두지 않았다
감면을 받고 있는지, 어느 조문으로 받는지 설명을 들은 적이 없다

왜 취급 전에 한 번 봐야 하나요

위 항목들은 대부분 거래가 일어난 뒤에는 되돌리기 어려운 것들입니다. 영세율 대상을 면세로 처리하면 세금계산서 발급 자체가 달라지고, 안분을 잘못하면 공제받을 수 있었던 매입세액이 그대로 사라집니다. 취급 품목을 정하고 결제 구조를 만드는 시점이 가장 저렴하게 고칠 수 있는 순간입니다.

의료기기판매업 세무사에게 취급 시작 전에 한 번 확인받는 것이 가장 저렴한 이유입니다. 저희 사무소는 취급 품목 목록을 먼저 받아 과세·영세율·면세로 갈라 두는 것부터 시작합니다. 결제 단계에서 구분되면 안분 자체가 단순해지고, 매입 견적을 구역별로 나눠 받는 것만으로도 실지귀속으로 처리할 수 있는 범위가 넓어집니다. 그 정리가 끝난 다음에야 감면을 어느 조문으로 받을지가 계산됩니다.

비용은 처음 안내한 그대로 청구합니다. 신고 시기에 서류가 늘었다는 이유로 금액이 달라지지 않습니다. 매달 손익과 세무 리포트를 보내 드려 과세와 면세 비중이 어떻게 움직이는지 눈으로 보이도록 하고, 새 품목을 들여올지 렌탈 계약을 맺을지 고민되는 시점에는 1:1 대표 단톡방에서 바로 여쭤보실 수 있습니다. 계약 전에 묻는 한 번이 신고 후 정정보다 훨씬 쌉니다.

약국과 의료기기 판매점만 보는 것도 아닙니다. 다양한 업종의 장부를 함께 관리하고 있어 겸영 안분과 재고 관리처럼 다른 업종과 구조가 같은 부분은 이미 검증된 방식으로 처리하고, 이 업종에만 있는 영세율 판정과 인허가 연동에 시간을 더 씁니다. 대표세무사가 직접 검토하므로 담당자가 바뀌어 설명을 처음부터 다시 할 일도 없습니다.

상담은 010-9265-1008 또는 카카오톡 dbg059로 문의하시면 됩니다. 경기도 수원시 영통구 하동 1016-1에 있습니다.

본 글은 일반적인 세무 정보이며 개별 상황에 대한 세무 자문을 대체하지 않습니다. 본문의 대화와 사례는 각색한 예시입니다. 영세율 대상 품목과 감면 요건, 안분 예외 기준은 개정될 수 있어 신고 시점 기준으로 확인이 필요하며, 인허가는 별도 절차이므로 전문가 상담을 병행하시기 바랍니다. 결과를 보장하지 않습니다. 세무 광고