약국 공동개국 세금, 소득은 나뉘어도 성실신고 기준은 나뉘지 않습니다

약국 개국 비용이 커지면서 약사 둘이 함께 여는 약국 공동개국 상담이 늘고 있습니다. 권리금과 인테리어, 초기 재고까지 합치면 혼자 감당하기 버거운 금액이 되기 때문입니다. 공동개국은 자금 부담을 나누는 동시에 종합소득세 누진세율을 완화하는 효과도 있습니다. 그러나 동업계약서 한 장을 어떻게 쓰는지, 손익분배비율을 어떻게 정하는지에 따라 절세 구조가 되기도 하고 분쟁과 추징의 씨앗이 되기도 합니다. 공동개국을 검토하는 약사님들이 개국 전에 알아야 할 것들을 순서대로 정리합니다.

약사법상 공동개국은 가능한가요

세금보다 먼저 확인할 것은 자격입니다. 약사법상 약국은 약사(또는 한약사)만 개설할 수 있습니다. 약사 면허 소지자들이 하나의 약국을 공동으로 개설해 공동사업자로 운영하는 것은 가능합니다. 반면 약사가 아닌 사람이 투자하고 수익을 나누는 구조는 이른바 면허대여(면대약국)로 판단될 위험이 있습니다. 형사처벌은 물론 건강보험 요양급여비용 환수까지 이어질 수 있는, 세무 이전의 문제입니다.

1약사 1약국 원칙도 그대로 적용됩니다. 공동개국에 참여한 약사는 별도의 자기 약국을 추가로 개설·운영할 수 없습니다. 특히 2025년 개정된 약사법은 복수 약국의 개설뿐 아니라 운영·지분 참여까지 차단하는 방향으로 강화되었으므로, 이미 약국을 운영 중인 약사가 다른 약국에 지분으로 참여하는 구조는 더 이상 성립하기 어렵습니다. 약사법과 인허가 판단에는 세무 밖의 쟁점이 얽히므로 관련 전문가 상담을 병행하시기 바랍니다.

공동사업자 등록은 어떻게 하나요

사업자등록 신청서에 공동사업자 전원을 기재하고 대표 공동사업자를 정한 뒤, 동업계약서를 첨부합니다. 계약서에는 최소한 네 가지가 들어가야 합니다. 첫째, 출자 내역입니다. 누가 얼마를 어떤 방법으로 냈는지가 지분의 근거이자 자금출처 소명 자료가 됩니다. 약국은 개국 자금 규모가 커서 자금출처를 확인받는 경우가 있으므로 계좌 기록과 함께 정리해 두어야 합니다. 둘째, 손익분배비율입니다. 소득 배분의 기준이 되며 실제 출자·기여와 일치해야 합니다. 셋째, 대표 공동사업자 지정입니다. 부가가치세 신고와 세무 서류의 창구가 됩니다. 넷째, 탈퇴·정산 조항입니다. 몇 년 뒤 한 명이 나갈 때 재고와 영업권을 어떻게 평가할지 미리 정해두지 않으면 세금 문제와 분쟁이 동시에 터집니다.

운영 중에 손익분배비율이나 구성원이 바뀌면 사업자등록 정정신고를 해야 합니다. 계약서 따로, 등록 따로인 상태가 이어지면 배분 자체를 부인당할 수 있습니다.

소득은 어떻게 나뉘고 세금은 왜 줄어드나요

소득세법 제43조에 따라 공동사업장은 하나의 거주자처럼 사업장 단위로 소득금액을 계산하고, 그 소득을 약정된 손익분배비율대로 구성원에게 배분합니다. 각 약사는 배분받은 소득을 자기 다른 소득과 합산해 종합소득세를 신고합니다. 종합소득세는 소득이 커질수록 세율이 올라가는 누진 구조이므로, 같은 약국 소득이라도 두 사람에게 갈리면 각자에게 적용되는 세율 구간이 내려갑니다. 이것이 공동개국 절세 구조의 핵심입니다.

단, 대전제가 있습니다. 배분은 실제 출자와 기여를 반영해야 합니다. 일하지 않는 가족에게 지분만 얹어 소득을 나누는 구조는 절세가 아니라 위험입니다. 소득세법은 생계를 같이하는 특수관계인이 공동사업자에 포함된 경우 손익분배비율을 거짓으로 정하는 등 조세회피 사유가 있으면 주된 공동사업자에게 소득을 합산해 과세하는 장치를 두고 있습니다. 부부 약사 공동개국이라면 실제 근무 기록과 출자 기록으로 실질을 증명할 수 있어야 합니다. 분배 소득은 건강보험료와 국민연금 산정에도 연동되므로, 비율 결정은 세금만이 아니라 보험료까지 함께 계산할 문제입니다.

공동개국에서 자주 놓치는 함정은 무엇인가요

첫 번째 함정은 출자용 대출이자입니다. 출자금을 마련하기 위해 약사 개인이 받은 대출의 이자는 공동사업장의 필요경비로 인정되지 않는 것이 원칙입니다. 출자는 개인의 자본 문제이지 사업장의 비용이 아니라는 것이 과세관청과 판례의 기본 입장이기 때문입니다. 반면 약국이 사업장 차원에서 운영자금이나 시설자금을 차입한 이자는 경비가 될 수 있습니다. 같은 대출이라도 구조에 따라 결론이 갈리므로, 자금 조달 계획은 개국 전에 세무 검토를 거쳐 설계해야 합니다. 사안에 따라 판단이 갈리는 영역이라 결과를 보장할 수는 없습니다.

두 번째 함정은 성실신고확인대상 판정입니다. 소득은 손익분배비율로 나뉘지만, 성실신고 대상 여부는 구성원별 분배액이 아니라 약국 사업장 전체의 수입금액으로 판정합니다. 공동개국으로 소득세 부담은 나뉘어도 성실신고 기준은 나뉘지 않는다는 뜻입니다. 약국은 의약품 소매업으로 분류되는 것이 일반적이지만 등록 업종에 따라 적용 기준이 달라질 수 있으므로, 매출 규모가 큰 약국이라면 개국 때부터 성실신고를 전제로 장부 체계를 갖추는 편이 안전합니다. 또한 약사는 전문직 사업자로 분류되어 수입 규모와 무관하게 복식부기 의무와 사업용계좌 의무가 적용됩니다.

세 번째 함정은 지분 정리입니다. 동업을 끝낼 때 탈퇴 약사가 받는 대가는 성격별로 세금이 다릅니다. 재고 몫은 사업소득, 영업권(권리금) 대가는 기타소득으로 원천징수 문제가 생기고, 무상이나 저가로 정리하면 증여 문제가 따라올 수 있습니다. 계약서의 정산 조항과 정리 시점의 평가가 그래서 중요합니다.

부가가치세와 장부 관리도 사업장 단위라는 점을 기억해야 합니다. 조제(면세)와 일반의약품 판매(과세)가 섞이는 약국의 부가가치세 신고, 공통매입세액 안분, 사업장현황신고는 모두 대표 공동사업자 명의의 약국 단위로 이뤄지고, 그 결과가 손익분배비율에 따라 각자의 종합소득세로 흘러갑니다. 세무 검증 역시 사업장 중심으로 진행되므로, 두 약사 중 누가 장부와 증빙을 책임질지 역할 분담을 계약 단계에서 정해두면 운영이 한결 깔끔해집니다.

세무사에게 맡기면 무엇이 달라지나요

공동개국은 등록 서류 접수가 아니라 구조 설계의 문제입니다. 저희 사무소는 개국 전 단계에서 동업계약서의 세무 쟁점(출자·분배·정산 조항)을 검토하고, 자금 조달 구조와 대출이자 처리, 성실신고 전제 여부까지 한 번에 짚어 드립니다. 개국 후에는 약국 전체 손익과 약사별 분배 소득, 예상 세금을 매달 손익·세무 리포트로 공유해 5월 신고 때 갑작스러운 세금이 없도록 관리합니다.

요양급여 정산서나 세무서 안내문이 오면 1:1 대표 단톡방에서 사진 한 장으로 바로 확인하고, 기장료에 포함되는 업무 범위는 계약 전에 투명하게 안내합니다. 약국을 포함해 여러 업종의 개국·동업 구조를 관리해 온 경험으로, 계약서를 쓰기 전에 물어야 할 질문들을 먼저 드리는 것이 저희 역할입니다.

자주 묻는 질문

Q1. 부부가 둘 다 약사인데 공동개국해도 되나요?
가능합니다. 다만 생계를 같이하는 가족 공동사업은 분배비율의 진실성을 엄격히 검증받습니다. 실제 근무와 출자 기록을 남겨 실질을 증명할 수 있어야 합니다.

Q2. 약사가 아닌 배우자가 투자만 하는 방식은요?
면허대여로 판단될 위험이 있는 구조라 권하지 않습니다. 자금 지원이 필요하면 차용 등 다른 형태를 법률 검토와 함께 설계해야 합니다.

Q3. 소득이 나뉘면 성실신고 대상도 피할 수 있나요?
아닙니다. 성실신고 판정은 약국 전체 수입금액 기준입니다. 소득 분산과 성실신고는 별개의 축으로 관리해야 합니다.

Q4. 동업 정리 때 제일 먼저 챙길 것은 무엇인가요?
정산 대가의 성격 구분(재고·시설·영업권)과 평가입니다. 영업권 대가는 기타소득 원천징수 문제가 생기고, 무상·저가 정리는 증여 문제로 이어질 수 있어 정산 전에 세무 검토가 필요합니다.

공동개국 전 자가진단

동업 상대가 약사 면허 소지자인지, 출자 내역과 손익분배비율을 담은 계약서 초안이 있는지, 그 비율이 실제 출자·근무와 일치하는지, 출자 자금의 조달 방법을 정했는지, 탈퇴·정산 조항을 넣었는지, 성실신고 대상 가능성을 전제로 장부 체계를 준비했는지 — 여섯 가지 중 비어 있는 항목이 곧 개국 전에 채워야 할 숙제입니다.

상담 문의: 010-9265-1008 · 카카오톡 dbg059 (나승리 대표세무사 · 수원 영통)

본 글은 일반적인 세무 정보 제공을 위한 세무 광고이며 개별 사안에 대한 자문이 아닙니다. 약사법·인허가 사항은 관련 전문가 상담 병행이 필요하며, 성실신고 기준·경비 인정 여부 등은 사실관계와 신고 시점 법령에 따라 달라질 수 있고 결과를 보장하지 않습니다. 본문 대화·사례는 각색 예시입니다.